В 2000-х годах Межрелигиозный Совет России откликался на вооруженные конфликты или террористические акты, происходившие в разных странах мира, подчеркивая, что эти события ни в коем случае нельзя использовать в качестве повода для эскалации межрелигиозной напряженности.

Так, спустя неделю после нью-йоркских событий 11 сентября 2001 года Совет выступил со следующим заявлением: «Мы понимаем и разделяем боль, которую испытывает сейчас американский народ. Нет оправдания безумцам, решившимся на чудовищное злодеяние. Ни одна традиционная религия не допускает возможности подобных преступлений, чем бы они ни мотивировались. Наши религиозные общины осуждают террористический акт в Америке точно так же, как они осуждали взрывы жилых домов в российских городах, похищения и убийства людей в Чечне, разрушение христианских храмов и мусульманских мечетей на Балканах, осквернение синагог в России».

Святейший Патриарх Алексий II и митрополит Кирилл во время визита в Азербайджан. Май2001 г.

В заявлении подчеркивалось: «Ужасны потери, понесенные народом Соединенных Штатов Америки и гражданами других стран. Но будет еще страшнее, если сатанинский замысел вдохновителей терактов реализуется в полной мере и будет спровоцирован глобальный конфликт. Необходимо разделять фанатиков-террористов и благонамеренных последователей ислама. Мы также призываем политиков и средства массовой информации с мудростью и ответственностью подходить к данной проблеме, не допуская интерпретации нынешних событий как межрелигиозного конфликта. Не ставя под сомнение необходимость справедливого возмездия организаторам терактов, мы убеждены в том, что при этом должны соблюдаться нормы морали и права, а жертвами не могут быть мирные жители»[343].