9 декабря 2004 года в Москве состоялось первое совмещенное заседание Исполнительного комитета Межрелигиозного Совета СНГ и президиума Межрелигиозного Совета России. По итогам заседания была проведена пресс-конференция, на которой митрополит Кирилл рассказал, что участники встречи определили приоритеты деятельности Межрелигиозного Совета СНГ. Среди них — осмысление практики религиозно-государственных отношений в странах Содружества, выработка с учетом разнообразия религиозного законодательства государств СНГ совместных позиций в данной сфере, координация усилий в диалоге с международными правительственными и неправительственными организациями, в повестке дня которых стоят темы, имеющие отношение к религиозно-государственным отношениям, а также подготовка программы сотрудничества в целях преодоления национальной и религиозной нетерпимости.
Открытие Всемирного саммита религиозных лидеров. 2006 г.
Важным деянием Межрелигиозного Совета России стала подготовка и проведение в Москве 3–5 июля 2006 года Всемирного саммита религиозных лидеров. В нем приняли участие более 300 авторитетных представителей традиционных религий из 49 стран мира — Предстоятели Поместных Православных Церквей, главы и представители других христианских конфессий, руководители мусульманских, иудейских, буддистских и иных общин. На саммите выступил президент России В. В. Путин.