Укрепление присутствия Русской Православной Церкви в странах с русской диаспорой встречало сопротивление со стороны Константинопольского Патриархата, придерживающегося мнения о своем исключительном праве на окормление любой православной диаспоры. В 1999 году был спровоцирован конфликт в Венгрии, где Константинопольский Патриархат потребовал переподчинения себе части православных приходов, в том числе Успенского кафедрального собора в Будапеште.

Сложная обстановка складывалась и в отношениях с Архиепископией русских православных приходов в Западной Европе (Константинопольский Патриархат). В феврале 2001 года митрополит Кирилл, возглавивший церковно-общественные торжества в честь 70-летия Трехсвятительского подворья в Париже, встретился с членами епархиального совета Архиепископии. Во время встречи было принято решение о создании двусторонней комиссии по изучению вопроса о возможности дальнейшего сближения и сотрудничества между Московским Патриархатом и Архиепископией.

Митрополит Кирилл постоянно посещал приходы Русской Православной Церкви в дальнем зарубежье, укрепляя их связь с родной Церковью и оказывая им необходимую поддержку. Его визиты, неизменно включавшие и встречи с руководством стран и городов, в которых живут соотечественники, играли определяющую роль в выстраивании взаимоотношений русских приходов с местной властью.

Особой задачей были переговоры о возможности открытия приходов в тех странах, где русская православная диаспора находилась без пастырского окормления. В 1997 году митрополит Кирилл провел переговоры об открытии прихода в Панаме, на встрече с президентом Панамы Э. Перес Бальядаресом была достигнута договоренность о «положительном решении вопросов, связанных с организацией приходской жизни россиян, проживающих в Республике Панама»[399]; приход Покрова Пресвятой Богородицы был открыт уже в следующем году.

Визит Патриарха Кирилла на Кубу. 2016 г.

В июле 1998 года митрополит Кирилл посетил с этой же целью Кубу, где также достиг взаимопонимания с государственной властью по вопросу открытия русского прихода в Гаване. В том же году был учрежден первый православный приход на Кубе, богослужения проводились в помещении российского торгового представительства. В ноябре 2004 года митрополит Кирилл встретился в Гаване с главой Кубинского государства Фиделем Кастро и согласовал строительство нового храма, который был заложен незамедлительно самим митрополитом Кириллом. Строительство завершилось в 2008 году.