В ноябре 1998 года митрополит Кирилл провел на Святой Земле еще один раунд встреч с государственными деятелями Израиля и Палестинской автономии. Проведенная работа позволила большой делегации Русской Православной Церкви во главе с Патриархом Алексием II 2–7 января 2000 года принять участие в праздновании на Святой Земле 2000-летия Рождества Христова, совершить богослужения как на территории Израиля, так и в пределах Палестинской автономии. 7 января состоялось праздничное богослужение с участием глав Православных Церквей и глав православных государств (Белоруссии, Болгарии, Греции, Грузии, Кипра, Молдавии, Румынии, Украины). Россию представлял первый президент РФ Б. Ельцин.

Принесение мощей вмч. Пантелеимона. Москва. 2000 г.

В октябре 2007 года в Иерусалиме проходили торжества, посвященные 160-летию РДМ, которые возглавил митрополит Кирилл. В ходе визита состоялись его встречи с Патриархом Иерусалимским Феофилом, президентом Израиля, мэром Иерусалима, министром туризма Израиля, главным раввином Израиля, руководством Палестинской автономии. Главным событием торжеств стало малое освящение соборного храма Всех святых, в земле Российской просиявших, в Горненском женском монастыре, совершенное митрополитом Кириллом.

Постоянное внимание митрополита Кирилла в эти годы было обращено на проблемы русского присутствия на Афоне, где в начале 80-х годов XX века оставалось чуть более 20 русских насельников. Постановлением правительства Москвы от 6 августа 1991 года в пользование Московскому подворью афонского Пантелеимонова монастыря был передан комплекс храма великомученика Никиты, что за Яузой, там проходили испытательный срок кандидаты на постоянное проживание на Святой Горе.

Ко времени визита на Афон Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в июне 1992 года братия Пантелеимонова монастыря на Афоне насчитывала уже 40 человек. 25 октября 1995 года в Москву был привезен список Иверской иконы Божией Матери, созданный иконописцем афонского монастыря Ксенофонт иеромонахом Лукой специально для восстановленной Иверской часовни у Воскресенских ворот на Красной площади. В апреле — июне 1996 года в Москве находилась принесенная из Пантелеимонова монастыря глава великомученика Пантелеимона, в июне — августе 2000 года святыня побывала в Киеве, Санкт-Петербурге и Москве.

15 сентября 2001 года по распоряжению митрополита Кирилла в ОВЦС была создана рабочая группа по Афону, которой было поручено рассмотреть все вопросы, связанные с положением в Пантелеимоновом монастыре и паломничеством на Святую Гору. К 2002 году численность братии Пантелеимонова монастыря составляла около 50 человек. Наметились позитивные изменения в жизни монастыря: восстановлены порядок и строй монашеской жизни, на средства жертвователей отремонтированы несколько корпусов и все храмы.