Особого внимания требовали люди, пришедшие в Церковь в сложных 90-х годах. Многие из них оказались невостребованными в новых социально-экономических условиях, испытали разочарование в своих надеждах. Они привнесли в церковную жизнь и разочарование, и чувство партийности, и желание игнорировать «всякую власть», представлявшие большую опасность для церковного единства. Вспоминая дискуссии того времени по основополагающим вопросам церковного устроения, митрополит Кирилл с горечью констатировал: «Если некто Х скажет что-то, то Y немедленно скажет, что Х неправославный, что это враг, что это католик, непременно и обязательно привяжут к политической ориентации — ты либерал-западник или патриот-почвенник и т. д. …Все это, конечно, результат трудного советского периода. Кроме того, причина, конечно, в том, что в Церковь влилось множество людей, которые еще вчера занимались комсомольской, пропагандистской работой и были очень далеки от Церкви. И зуд этой конфронтации просто разъедает людей»[446].

В январе 1991 года, выступая на I Всецерковном съезде православной молодежи, митрополит Кирилл говорил о настрое значительной части церковных «неофитов» не «спасаться самим» в Церкви, а «спасать Церковь». Перед Владыкой как председателем съезда стояла сложная задача: откровенно предупредив активную часть молодежи и интеллигенции об ожидающих ее «разнообразных соблазнах и искушениях», не оттолкнуть их от Церкви и направить их энергию на решение актуальных задач: на возрождение прихода «в качестве подлинной христианской общины, в центре которой — Божественная Евхаристия», на дела милосердия, духовно-просветительскую работу. Итогом съезда стало создание Всеправославного молодежного движения, действовавшего до 2000 года, когда по решению Архиерейского Собора оно было преобразовано в Отдел по делам молодежи Русской Православной Церкви.

Распад СССР помимо множества тяжелейших социально-экономических последствий спровоцировал ряд многолетних межнациональных конфликтов в Молдавии, Таджикистане, Грузии, Армении и Азербайджане. Возникла потенциальная опасность военных конфликтов между бывшими республиками СССР. 17 января 1992 года митрополит Кирилл, выступая перед собранием офицеров армии и флота, предупреждал, что «политика радикального суверенитета в наших условиях не может быть осуществлена без огромного риска нанести нравственный ущерб обществу и спровоцировать тягчайшие социальные последствия». Наибольший риск, по его мнению, заключался в создании «полноценных современных армий» в независимых государствах. «Разделение единой армии беспокоит Церковь… не из-за геополитических соображений, не по причине нарушения военных балансов, а по той причине, что разделение это — великая угроза нашей общей безопасности, угроза, проистекающая от нас самих». Необходимо было, чтобы слово Церкви об этой угрозе дошло до военных частей на всей канонической территории Русской Православной Церкви, чтобы не допустить противопоставления свободного национального развития суверенных государств и многовековой исторической общности их народов[447].