В 1903 г. православные консерваторы, желавшие церковных реформ, были близки к своей цели. 26 февраля появился манифест «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка», в котором, конечно же, подчеркивалось первенствующее значение Православной Церкви, но в который первоначально предполагалось даже внести пункт о расширении разумной свободы слова и совести (разумеется, в согласовании с духом главенствующей конфессии и государственного строя). Император, правда, в конце концов, вычеркнул статью о свободе слова, фактически исключив и статью о свободе совести, но важно отметить, что все-таки наряду с вопросом о положении Церкви рассматривался и вопрос о свободе совести²⁰! Значит, светские власти понимали их взаимосвязь, хотя «техническая сторона» проблемы, очевидно, не вполне была прояснена.

Вскоре император посетил Москву и побывал в Новоиерусалимском монастыре, где находилась усыпальница Патриарха Никона. «Московские ведомости» не оставили это посещение без внимания, задавшись патетическим вопросом: когда же, наконец, засияет прежней жизнью символическое место «царя мира». Очевидно, чего-то ожидали: перед Пасхой чиновники в типографии сидели до 9 часов вечера субботы, но затем их распустили²¹. Что планировалось объявить на Пасху — неизвестно, однако факт ожидания «чего то» — налицо. К тому же весной 1903 г. митрополит Антоний (Вадковский) обсуждал церковные дела с дядей царя — Великим князем Сергеем Александровичем. Речь шла о необходимости изменения строя церковной жизни, ближайший родственник Государя сочувствовал делу реформ. Тогда же, в мае 1903 г., министр внутренних дел В. К. Плеве рассказал митрополиту Антонию о своем разговоре с Николаем II и том, что он, Плеве, хотел бы поговорить с владыкой о необходимости переустройства церковного управления на основах канонов²². Беседа не состоялась, но у Антония сложилось впечатление, что Государь всерьез занят этим вопросом.

Можно ли и стоит ли доверять впечатлению петербургского архипастыря? Полагаю, что можно. Человек глубокой личной религиозности, император сочувственно относился к самой идее Собора, справедливо полагая, что только на нем можно будет разрешить основные церковные проблемы. В сентябре 1904 г., когда встал вопрос о распечатывании алтарей собора Рогожского старообрядческого кладбища, Николай II в письме обер-прокурору Св. Синода К. П. Победоносцеву отметил, что обсуждение такого важного исторического и государственного дела, как дело о расколе, невозможно осуществить помимо Церкви. «Тут само собою, — продолжал далее самодержец, — возникает мысль о Всероссийском Церковном Соборе, мысль о котором давно уже таится в моей душе. Мне кажется, что только Собор может разрешить этот вопрос. Да и по многим другим вопросам нашей церковной жизни обсуждение их Поместными Соборами внесло бы мир и успокоение; притом правильным историческим путем, в полном соответствии с преданиями нашей Православной Церкви»²³.