Тогда же Победоносцеву удалось добиться передачи дела из Особого совещания в Св. Синод, где, как надеялся обер-прокурор, у него будут все возможности повернуть дело в «правильное» русло. 13 марта 1905 г. Император подписал соответствующий документ27, и вопрос о Церкви перешел в компетенцию ее высшего органа.
Уже через четыре дня, 17 марта, Св. Синод официально выслушал решение Государя и во исполнение «высочайшей воли» признал необходимым пересмотреть существовавшее в России государственное положение Православной Церкви — «ввиду изменившегося положения инославных исповеданий». Св. Синод полагал необходимым ввести в свой состав, наряду с постоянными, поочередно вызываемых иерархов Русской Церкви и возглавить ее Патриархом. В Москве предполагалось созвать Поместный Собор из всех епархиальных епископов или их представителей и обсудить на нем принципиальные вопросы церковной жизни: о разделении России на церковные округа, управляемые митрополитами; о пересмотре законоположений об органах епархиального управления и суда; о реформе прихода; об усовершенствовании духовных школ; о пересмотре законов о церковной собственности; о епархиальных съездах; о праве иерархов участвовать в заседаниях Государственного
Совета и Комитета министров, а рядового духовенства — в местных городских, сельских и земских учреждениях при рассмотрении вопросов, затрагивавших интересы Церкви28. 22 марта 1905 г. документ подписали все члены Св. Синода, а отредактировал — товарищ (т. е. заместитель) обер-прокурора Св. Синода В. К. Саблер, замещавший болевшего Победоносцева.
Но этим дело не ограничилось: 18 марта, вскоре после составления документа, синодалы составили и подписали специальное обращение к Государю, в котором благодарили его за почин — разрешение рассмотреть дела о церковных преобразованиях. Иерархи, таким образом, выставили инициатором реформ самого Николая II. Складывавшаяся ситуация не обрадовала, а исключительно возмутила Победоносцева, который вынужден был спасать положение ценой давления на самодержца. Он доказывал ему, что время для реформ выбрано неудачно, что реформа «изобретена» честолюбивым митрополитом Антонием, что движению практически никто из «простых русских людей» не сочувствует и т. д.29 Победоносцев стремился остановить Св. Синод точно так же, как за несколько дней до того — перехватить «церковную инициативу» у Витте. В этом была своя логика: ведь Витте оттеснялся не для того, чтобы расчистить дорогу иерархам, сторонникам церковной реформы, а чтобы полностью перекрыть эту дорогу. Задуманное Победоносцеву удалось: он сумел вырвать у императора резолюцию, которая приостанавливала начавшееся было дело реформы. Собственно говоря, текст резолюции Николая II составили сами члены Св. Синода30, обер-прокурор внес в нее небольшие, но принципиальные коррективы — и только. Если у синодалов в проекте резолюции от имени императора говорилось о «благопотребном по нынешним обстоятельствам» времени для созыва Собора, то в окончательной редакции (осуществленной Победоносцевым) переживаемое время было названо тревожным и неудовлетворительным для такого важного дела. Правда, обер-прокурор не смог перечеркнуть другую важную идею резолюции: император обещал дать делу реформы ход, «когда наступит благоприятное время». Тем самым Николай II принял на себя обязанность лично определить время созыва Собора. Оставалось надеяться и ждать. На фоне разраставшейся политической нестабильности и разворачивавшегося революционного движения подобное ожидание выглядело мало оптимистично. К тому же и поддержавший членов Св. Синода товарищ обер-прокурора В. К. Саблер был отправлен Победоносцевым в отставку.