Еще до революции 1917 г. аналитики признавали, что главное значение деятельности Присутствия заключалось «в разработке основных положений реформы»³⁵. В ходе обсуждения члены Предсоборного Присутствия пришли к заключению, что первосвятитель Церкви должен носить титул Патриарха и быть председателем Синода и Собора. При этом старые церковно-государственные отношения предполагалось только скорректировать, но принципиально не менять: они должны были строиться на факте принадлежности к Православию русского царя. В своих внутренних делах Церковь должна была оставаться независимой и свободно управляться собственными учреждениями, хотя при этом предусматривалась верховная императорская защита. Соответственно, обер-прокурор ограничивал сферу деятельности простым внешним наблюдением за соответствием постановлений Синода государственным законам. Самодержец же, по мысли членов Присутствия, после проведения названных изменений, имел право действовать в отношении Церкви в согласии с Собором, постоянным Синодом и Патриархом³⁶.

Таким образом, петровский «цезарепапизм» de facto уничтожался, а ведомство православного исповедания в том виде, как оно сложилось за XVIII–XIX вв., прекращало свое существование. Это значило, что церковная часть государственной машины империи разрушалась. Следовательно, должны были перестраиваться и другие части названной машины: ведь синодальный механизм за многие десятилетия оказался впаян в политическое тело империи, где все элементы (в том числе и религиозные) находились в неразрывном единстве.

Психологически неподготовленная к самостоятельному бытию, Православная Церковь не могла отказаться от государственной поддержки, хотя эта поддержка и должна была уменьшаться прямо пропорционально поступательному продвижению политических реформ. «Нечего составлять себе „иллюзий“, — писал член Присутствия генерал Киреев, — став на конституционную почву, мы, конечно, должны идти (и придем скоро) к отделению Церкви от государства»³⁷. Не трудно предположить, что «православное государство» подобное развитие событий устраивало так же мало, как и Церковь, но практические выводы могли последовать только после политического «успокоения» взбаламученной революцией страны.

Работа Предсоборного Присутствия проходила в семи отделах и в общем собрании. Предполагалось рассмотренные в отделах вопросы затем «пропустить» через общее собрание. Однако для этого не хватило времени. Полностью были рассмотрены только работы первого и второго отделов (о составе Поместного Собора, преобразовании центрального церковного управления и о митрополичьих округах). Остальные отделы изучали не менее важные для судеб Русской Церкви вопросы: о благоустроении прихода, о церковной школе, о порядке приобретения церковной собственности, о епархиальных съездах и участии священнослужителей в общественных и сословных учреждениях (IV отдел); о преобразовании духовно-учебных заведений (V отдел); о единоверии, старообрядчестве и т. п. (VI отдел); о мерах к ограждению православной веры и христианского благочестия от неправых учений и толков ввиду укрепления начал веротерпимости (VII отдел).