После Второй мировой войны в 1946 г. иг. Диодора (Дохторова) со всем монастырем перешла в юрисдикцию Московского патриархата. Кроме того, она приняла советское гражданство. Иг. Диодора надеялась на переселение в СССР, поэтому писала в Москву следующее: «Горячо любя Россию, мы просим принять нас и дать скромный монастырь в каком-нибудь краю нашего великого Отечества, где бы мы могли все свои силы посвятить на пользу церкви, среди родного народа. В советском посольстве обещали помочь, но на деле вопрос этот не решался. В этот период иг. Диодора приняла великую схиму с именем Мария.
В связи с конфликтом между И.В. Сталиным и И.Б. Тито из Югославии после 1948 г. стали изгоняться не только отдельные русские люди с семьями, но и эмигрантские монашеские общины. В феврале 1950 г. югославские власти потребовали от монахинь и настоятельницы м. Марии (Дохторовой) покинуть страну. При этом монастырь был изгнан в полчаса, и насельницы монастыря вынуждены были оставить практически все имущество: церковные облачения, библиотеку, технику, одежду и другое. Сестер погрузили в товарный вагон и депортировали в Албанию. Настоятельница поселилась вместе с сестрами в монастыре Святого Власия в гор. Дураццо. Она была возведена в сан игуменьи. Православным монахиням было трудно жить в неправославной стране – в Албании. В 1950 г. схиигумения Мария, вновь обращалась к советскому дипломату г. Парийскому со следующими словами: «Нас изгнали из Югославии, потому что мы подданные СССР и потому, что мы не скрывали, что любим свою Родину». И далее продолжала настоятельница «Просим Вас походатайствовать пред Его Святейшеством о приеме. Попросите принять нас под свой покров и дать нам где-нибудь уголок, где бы мы могли служить Богу, православной церкви и народу…».
В ноябре 1950 г. на приеме у председателя Совета по делам РПЦ Г.Г. Карпова патриарх Алексий I (Симанский) предложил разместить 16 сестер в Рижском женском монастыре, на что предварительно было получено согласие митрополита Рижского Вениамина (Федченкова). Однако в данной ситуации не помогло даже ходатайство предстоятеля Русской Церкви. Из письма Г.Г. Карпова от 28.07.1952 г., адресованного министру иностранных дел А.Я. Вышинскому, видно, что на самом деле оба ведомства считали нецелесообразным переселение эмигрантским монахинь в СССР. Советские органы пытались и дальше решить судбу монастыря по своему усмотрению. В упомянутом письме Карпов просил Вышинского о следующем: «В связи с этим Совет, до постановки этого вопроса в Правительство СССР, просит Вашего указания о выяснении мнения Посольства СССР в Варшаве о целесообразности поселения в православном монастыре Польши…». Однако митрополит Варшавский Макарий (Оксиюк), предстоятель ППЦ, высказался против таково переселения. Поэтому сестры были вынуждены оставаться в Албании.