17 марта 1913 года, уже находясь на смертном одре, отец Варсонофий продиктовал духовное завещание, где говорилось: «Веру мне имите, святые отцы и братия, что все мои действия и желания сводились к одному: охранить святые заветы и установления древних отцов-подвижников и великих наших старцев во всей божественной и чудной их красоте от разных тлетворных веяний века сего, которых начало — гордыня сатанинская, а конец — огонь неугасимый и мука бесконечная! Может быть, плохо исполнил я это — каюсь в том и повергаю себя пред благостию Божией, умоляя о помиловании. А вас, всех возлюбивших меня о Господе, прошу и молю: соблюдите мои смиренные глаголы. Духа не угашайте, но паче возгревайте его терпеливою молитвою и прилежным чтением святоотеческих и Священных Писаний, очищая сердце от страстей. Лучше соглашайтесь подъять тысячу смертей, чем уклониться от Божественных заповедей Евангельских и дивных установлений иноческих. Мужайтесь в подвиге, не отступайте от него, хотя бы весь ад восстал на вас и весь мир кипел на вас злобою»497.

Умирая, отец Варсонофий очень страдал и призывал иногда старцев: «Батюшка Лев, батюшка Макарий, батюшка Амвросий, батюшка Иларион, батюшка Анатолий, батюшка Иосиф, помогите мне вашими святыми молитвами!». Отходную читали 20 марта, затем 30 и 31 марта. Скончался отец Варсонофий 1 апреля. Последние слова его были о рае, несвязные, но именно — о рае… Монахиня Елена (Шамонина) описывала происходившее. «В гостиницу с каждым поездом приезжали, — писала она, — новые духовные дети… Церковь, где стоял гроб, не запиралась, и духовные дети толпились день и ночь вокруг батюшки»498.

В ночь на 6 апреля прибыл из Москвы владыка Трифон. На заупокойной литургии он сказал весьма трогательное слово. «Низкий тебе поклон, дорогой брат, батюшка, — сказал владыка, сделав у гроба земной поклон, — за твою любовь ко мне, за твои чудные беседы, за драгоценные наставления. А еще тебе земной поклон за твоих духовных детей. Как пастырю, мне прекрасно известно, какое море скорбей, сомнений и греха окружает современное человечество… В момент конечной гибели отчаявшемуся человеку является такой старец и говорит: “Погоди, не бойся, не приходи в отчаяние, еще не все потеряно, давай мне руку, я выведу тебя на дорогу, обопрись на меня, я поведу тебя, подниму твои скорби, помогу снова начать жизнь”. Таким старцем был батюшка: он жил скорбями своих детей и сгорел в скорбях»499. И много еще доброго сказал о старце Варсонофии владыка.

Гроб с телом старца был поставлен в железнодорожный вагон. Сопровождающими в нем были приехавшие из Оптиной казначей иеромонах Гавриил и послушник Михаил Ежов500. В дороге было много остановок с молебнами на станциях. Из Козельска в Оптину гроб доставлен был на дрогах, которые сопровождал весьма многолюдный крестный ход. Все сильнее слышался звон большого колокола на оптинской колокольне. На оптинском берегу Жиздры собралась вся братия с отцом Феодосием во главе, — отец Ксенофонт по болезни не мог выйти из своей келии. Гроб понесли на руках в святые ворота обители… Вот как возвратился отец Варсонофий в родную Оптину пустынь!