С таким же рвением основывались миссии в Индии, Японии и Китае. Здесь, однако, не добились прочных и ощутительных результатов.

В Ост-Индии после того, как португальцы утвердились в стране, было учреждено епископство в Гоа (1534 г.), а для того, чтобы подготовлять к миссионерской деятельности туземцев, — семинария (1541 г.). Больший размах дело обращения получило, когда им занялась ассоциация иезуитов и в стране появился св. Франц Ксавер (1512 г.). Последний работал с таким успехом, что получил почетное название Апостола индусов. Он, главным образом, склонил туземцев в Гоа к христианскому образу жизни, раскрыл суть христианского вероучения уже ранее крещенным паравам, на Рыбачьем берегу, на юге полуострова, крестил многих других и обратил к христианство тысячи язычников на берегу Траванкора. Его орден продолжал дело. Постепенно в лоно церкви были обращены язычники как в самой Гоа, так и вокруг нее. Следующие миссионерские пункты были основаны в Кохине (1557 г. епископство) и Мадуре (1595 г.). Для христианства открылись лучшие перспективы, когда Роберт Нобили (1606–1656 гг.) пустил в ход новый прием. Если до сих пор обращенных побуждали к выступлению из своей касты, каковое требование очень затрудняло распространение Евангелия, то он, напротив, признал касты, как временный социальный институт. В соответствии с этим, Нобили допускал туземные кастовые отличия и чествование некоторых праздников, поскольку они не имели религиозного языческого значения. Вместе с тем он посвятил свою деятельность, как брамин, лишь высшим классам, в то время как его товарищ по ордену Фернандец заботился о душах низших. Нобили считался с обычаями и предрассудками страны еще и в некоторых других отношениях, а именно, он выпустил особенно противные индусам церемонии при таинстве крещения: дуновение, заушение и употребление соли. Расчет открытия более легкого доступа христианской религии оказался верным. С другой стороны, однако, большие надежды, которые возлагались на систему приспособления, не осуществились, в виду того, что высшие касты и теперь редко меняли веру и новые попытки капуцинов в этом направлении в начале XVIII в. вызвали запрещение указанного способа пропаганды. Патриарх Турнон Антиохийский запретил, как папский легат, 16 так называемых малабарских обычаев (1704 г.), а римская курия, несмотря на возражения иезуитов, поддержала это мнение в последний раз в окончательной форме в булле «Omnium sollicitudinum» (1744 г.).

Миссия в Японии также была основана св. Францем Ксавером. Она вскоре оказала большие успехи. 3 десятилетия спустя в стране Восходящего Солнца было уже 300 000 христиан. В ближайшие годы число их еще более увеличилось, хотя новая религия подверглась строгим преследованиям (1596 г.). Христианство пережило даже ужасный удар 1638 года. В виду зависти бонз к миссионерам, подозрительного отношения властей к чужестранцам и, главным образом, интриг голландцев, наиболее ожесточенных соперников португальцев в Азии, последние были изгнаны из Японии. Одновременно с этим христианские миссионеры были перебиты, а тысячи христиан-туземцев потоплены. Японские христиане были отрезаны от общения с остальной церковью. Вера их подверглась гонению. Несмотря на это, христианство удержалось до наших дней, хотя во многих местах в затемненном и искаженном виде; из таинств употреблялось одно крещение. Голландцев часто обвиняли в том, что они, дабы выставить себя нехристианами и этим путем обеспечить за собой японский рынок, попирали ногами Распятие. Это обвинение, впрочем, трудно доказать. Во всяком случае, им можно поставить в вину, что они допускали попирание священных изображений в своем присутствии и таким образом делались если не активно, то, по крайней мере, пассивно соучастниками этого кощунства.