Слившаяся с КГБ сергианская иерархия была в принципе неспособна заботиться об интересах верующих. В 1961 году руками патриарха Алексия I и будущего патриарха Пимена всё духовенство было полностью отстранено от влияния на хозяйственно-административную жизнь церкви, так что приходские священники стали наемными работниками у сформированных советскими исполкомами «двадцаток» учредителей приходов, каковыми на самом деле являлись не верующие, а зачастую ветераны КПСС и КГБ. В результате по требованию властей так называемая «двадцатка» могла в любой момент закрыть храм или расторгнуть договор с политически нелояльным священником и сделать его по сути безработным. В 60-е годы лишались места пастырского служения даже за то, что выдавали характеристики молодым верующим для поступления в разрешенную Духовную семинарию. А архиепископ Пимен (Извеков), бывший одним из главных проводников внедрения в церкви этого безбожного порядка в 1961 году, получил в награду от социалистической Родины звание митрополита, орден Трудового Красного Знамени и вторую по значимости кафедру — Ленинградскую, а позднее был продвинут в патриархи.

На страницах «Аргументов и фактов» № 8 за 1992 год один из гэбистов рассказал, что почти все сановные церковники «работали либо на Московское УКГБ, либо на союзный КГБ».

Священников, не желавших сотрудничать с тайной полицией, но и не занимавшихся политикой вообще, репрессировали только за то, что они хотели добросовестно исполнять свои пастырские обязанности. Наиболее показателен здесь пример отца Александра Меня, много лет притесняемого своим церковным начальством. И подобных примеров немало. Когда священников и мирян наказывали за «чрезмерную» религиозную активность, Московская патриархия не только не ходатайствовала за них перед родной ей властью, но и отмежевывалась от них, письменно опровергала факты преследований за веру, чем еще больше развязывала руки карательным органам для подавления религии. Весьма знаменательна характеристика архиереев РПЦ, данная Советом по делам религий при Совмине СССР в качестве отчета перед ЦК КПСС в 1978 году: наиболее положительными для коммунистов являются те «архиереи, которые и на словах и на деле подтверждают не только лояльность, но и патриотичность к социалистическому обществу, реально сознают, что наше государство не заинтересовано в возвышении роли религии и церкви в обществе и, понимая это, не проявляют особой активности в расширении влияния православия среди населения. К ним можно отнести: патриарха Пимена, митрополита Таллинского Алексия (бывшего патриарха „всея Руси“), митрополита Тульского Ювеналия (ныне митрополита Крутицкого и Коломенского), архиепископа Харьковского Никодима…» Неудивительно, что незаконный арест, лишение гражданства и высылку из страны великого русского писателя А. И. Солженицына в 1974 году митрополит Алексий (Ридигер) назвал даже очень «гуманной» акцией советского правительства! Неудивительно, что именно Алексий сменил Пимена на посту патриарха «всея Руси». Совет по делам религий при Совмине СССР в 1975 г. искренне «радуется» тому, что благодаря проделанной патриархом Алексием работе появилась «возможность воздействовать на будущих служителей культа в необходимом для нас направлении, расширить его теоретические и практические познания в материалистическом духе. А это будет подрывать религиозно-мистические идеалы будущего пастыря: может привести… к пониманию собственной бесполезности как служителя культа». За такие труды одного ордена Трудового Красного Знамени явно недостаточно! Тут и до Знака Почетного Чекиста или почетной грамоты КГБ недалеко (полученной в 1988 году выдающимся иерархом по агентурной кличке Дроздов за особо активную оперативно-розыскную деятельность). После опубликования комиссией Верховного Совета России части архивных материалов КГБ об агентурном служении высшего духовенства РПЦ под напором гласности Патриархия в 1992 году была вынуждена создать свою комиссию, возглавляемую епископом Костромским Александром, по расследованию фактов сотрудничества представителей церкви со спецслужбами. Но за прошедшие годы эта комиссия не представила никаких следов своей деятельности; обошел молчанием результаты расследований и Архиерейский собор 1994 года. Несомненно, существование патриархийной комиссии имеет (в настоящем времени, так как формально она не упразднена) подлинной целью не раскрытие перед лицом церкви правды о позорных заслугах руководства РПЦ перед «социалистической Родиной», а, напротив, ее сокрытие. Лидеры Московской патриархии не признают и не отрицают своей многолетней работы на КГБ, полагая, что их некому заставить говорить. Тем самым патриарх и синод снова и снова обнаруживают преступное пренебрежение и равнодушие к пастве, оторванность от народа. Из иерархов церкви лишь Литовский архиепископ Хризостом нашел мужество открыто подтвердить свое агентурное прошлое под кличкой Реставратор.