Бхактивинода также попросили провести расследование по" делу могущественного йога Вишакишена, который объявил себя инкарнацией Махавишну, снизошедшей на землю, чтобы свергнуть английское правительство и установить в Индии монархию, возведя на трон индийского царя. Йог наводил на всех ужас, поскольку обладал мистическими силами, с помощью которых насылал на человека страдания, если тот не принимал его как инкарнацию и не вел себя соответствующим образом. Однако у него было много последователей, потому что он мог также излечивать болезни и без труда влиять на неграмотных и простосердечных людей. Задача по обузданию бесчинствующей «инкарнации» была не из простых. Бхактивинод Тхакур провёл расследования и, обнаружив вину йога во многих преступлениях, включая сексуальные домогательства, провёл в джунглях неподалёку от Бхуванешвара его задержание, подключив инспектора полиции и отряд в сотню вооружённых полицейских. Когда йога посадили в тюрьму, он воспользовался своими мистическими силами и наслал тяжёлую болезнь на Кадамбани, вторую по возрасту дочь Бхактивинода Тхакура, а в день объявление приговора вызвал мучительную боль в груди у него самого, чтобы судья не смог прийти в суд. Но судья Бхактивинод Тхакур оставался твёрд в своём решении, поскольку обладал непоколебим верой во всемилостивого Господа, всегда защищающего своих преданных. Милостью Господа, Кадамбини осталась невредима и, когда Бхактивинод Тхакур с острой болью в груди всё-таки пошёл в суд и объявил приговор, то также излечился. Бишакишену приговорили к полутора годам строгого тюремного заключения. Его сообщники, выставляющие себя за Брахму и Шиву, также были наказаны подобным образом. Бишакишена умер в тюрьме.

После пятилетнего служения на английское правительство в Пури Бхативинода Тхакура назначали на соответствующие должности в разные районы Бенгалии. В 1878-ом году его перевели работать в Нараил. В этом месте он принял инициацию от потомка Шри Вамши Ваданананда Госвами, который в такой степени наслаждался доверительным расположением Махапрабху, что Он после того, как принял санньясу, попросил его присматривать за Своей матерью и женой. Бхактивинод Тхакур принадлежал к парампаре от Джахнави Деви, жены Нитьянанды. Позднее он принял своим шикша-гуру Джаганнатха Даса Бабаджи.

В 1887-ом Бхактивинод Тхакур устроил так, что его перевели в Шрингар. В ту пору он занялся поисками места рождения Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место находилось под вопросом, вследствие изменения русла Г'анги. В соответствии со свидетельствами старых книг, описывающих рождение Шри Чайтаньи, оно находилось на западном берегу Ганги. Но не поддавалось определению, где был в те далёкие времена запад реки, а где восток. В конце концов, у Бхактивинода Тхакура случилось видение, в котором он увидел, на какой стороне родился Махапрабху. Он написал в автобиографии, что однажды в десять часов утра увидел на противоположном берегу Ганги в северном направлении огромный дворец, залитый светом. Он подтвердил с помощью исследования древних манускриптов и карт Надии, что в явленном ему направлении находился старый Маяпур, место рождения Шри Чайтаньи.