В 1607 году Максимилиан Баварский по императорскому дозволению занял Донаувёрт и стал относиться к нему как к завоеванному городу, включенному в состав Баварии. Максимилиан Баварский собрал иезуитов в местном соборе и силой превратил его в католический храм. Произошло вопиющее нарушение Аугсбургского мирного договора, после чего протестанты больше не могли полагаться на него как на средство защиты.

В 1608 году протестантские государства образовали евангелический союз для обороны подвергшихся нападению (в нарушение Аугсбургского мирного договора) стран. Этот союз был преимущественно кальвинистским, и его первым главой стал курфюрст Пфальца, ставший кальвинистом при поддержке французов, хотя и без участия главного лютеранского государства, Саксонии. Бывший союз превратился в союз соперников, в 1609 году сформировалась Католическая лига, возглавлявшаяся Максимилианом Баварским. Обе стороны вооружались.

13 мая 1618 года протестантская знать Чехии, чей король Фердинанд был правителем Австрии и императором Священной Римской империи, выбросила императорских уполномоченных из окон замка в Праге, выгнала иезуитов из страны и восстала против Австрии. Чехи предложили корону курфюрсту Пфальца Фридриху V. Именно его согласие ускорило Тридцатилетнюю войну. Кальвинистский правитель Чехии смог внести раздор и нарушить равновесие власти во всей Европе.

Тридцатилетняя война оставалась религиозной только до 1635 года. Сначала она представляла собой столкновение кальвинистов против католиков, поскольку Саксония и некоторые лютеранские государства стояли в стороне, полагая, что действия курфюрста Пфальца глупые и противозаконные.

Во время решающей битвы на Белой горе (1620) имперские войска атаковали с криками: «За Святую Деву Марию!», а в Риме построили церковь Святой Марии победительницы.

В 1620 году Фридриха выдворили из Богемии, в 1623 — из Пфальца. Однако война продолжалась, потому что успех имперских войск оказался таким огромным, что в войну оказались вовлеченными другие страны: Дания в 1625–1629 годах, Швеция при Густаве II Адольфе вплоть до его гибели в бою, последовавшей в 1632 году, и затем снова при канцлере Оксеншерне (в это время в Швеции правила (1632–1654) королева Кристина, но внешней политикой заправлял граф Оксеншерна. — Ред.), Саксония (1631–1635). Доминировала католическая Франция, управлявшаяся Ришелье.

После 1635 года война никоим образом не носила религиозного характера, поскольку европейское противостояние определялось соперничеством между возродившейся Францией и императорской Германией.