В 1582 году тогдашний архиепископ Кельна Гебхард Трухзес захотел жениться на монахине, ставшей протестанткой, и превратить свою территорию в светскую. Его противник, католик герцог Эрнест Баварский, вовсе не был реформированным, но уже являлся епископом трех других приходов, пьяницей и владельцем наложницы.

К ужасу протестантов, католики сослались на «Духовную оговорку», и лютеране лишились их поддержки, частично потому, что опасались, что Трухзес подружится с кальвинистами. Затем испанские и баварские войска выдворили его с престола, и баварский герцог стал преемником Трухзеса.

Существование княжеств-епископств, где епископ оказывался временным сюзереном, как и «Духовная оговорка», способствовало делу Контрреформации, как только общая католическая власть оказывалась достаточно мощной, чтобы обеспечить таких епископов политической поддержкой. Великие католические епископы управляли территориями, где население в основном оставалось протестантским.

Поскольку равновесие власти в Германии зависело от севера страны, протестанты оставались неуязвимыми и их число росло. Признаком меняющегося равновесия стало укрепление епископов. В 1595 году епископ Бамберга распорядился, что верующие должны согласиться с мессой или подвергнуться изгнанию, и, хотя вердикту противостояла знать, кафедральный собор и соседние крупные землевладельцы его одобрили и провели в жизнь.

В 1596 году Теодор фон Фюрстенберг, епископ Падерборна, заключил под стражу всех священников своего прихода, допускавших причастие обоих типов. Затем ему пришлось столкнуться со знатью, начавшей выводить свой скот и лошадей, и городом, который избрал демагогию, которых следовало подавить. Продолжая распоряжаться, епископ щедро одарил коллегию иезуитов и опубликовал вердикт, предписывавший мессу или изгнание.

Существование католицизма в Рейнланде, который согласно географическому расположению, как ожидалось, должен был стать полностью протестантским, обязано испанской армии в Нидерландах и частично успеху Контрреформации, сумевшей удержать и использовать крупных князей-епископов. Несмотря на законодательную неопределенность, «Духовная оговорка» сделала свое дело.

Польша

Изменения в Польше начались после того, как в 1575 году избрали королем Стефана Батория (1575–1586). Во время своего правления он защищал как католиков, так и протестантов, отличаясь умеренными взглядами. Однако благодаря распространению влияния римского престола по всей Восточной Европе к концу его правления в Польше было 360 иезуитов.

Его преемник Сигизмунд III (1587–1632) оказался ревностным католиком. Успешное введение григорианского календаря, ставшего одним из доказательств прогресса Контрреформации, сопровождалось принятием декретов Триентского собора. Пользуясь ими, католическая знать изгнала протестантов из своих поместий. Католические суды руководили восстановлением приходских церквей. Даже в городах, где население оставалось протестантским, лютеранскую службу принуждали проводить в городской ратуше.