В 1569 году инквизиция, как следующий посредник, осуществлявший королевский надзор, утвердилась в Новом Свете. Из всех епископов самым значительным считался Турибио, архиепископ Лимы в 1580–1606 годах, известный как «апостол Перу». В 1583 году он провел совет, который принял законы, защищавшие свободу индейцев и завезенных в Америку негров. Турибио обучал их, переводил учебники и катехизис на язык кечуа (преобладающий в Перу). Турибио постоянно путешествовал по территориям местных племен. В 1594 году он написал Филиппу II, что крестил уже 50 000 человек. В 1726 году Турибио был канонизирован католической церковью.

Индейцы охотно крестились. Сложность заключалась в том, что они так же легко отрекались от христианской веры. Обычно миссионеры крестили индейцев после непродолжительной подготовки. Странно, что в папской булле, изданной Павлом III в 1537 году, показалось необходимым заявить, что индейцы способны принять крещение.

Прибывший в 1647 году в Конго (Африка) Феликс де Вилер заявлял, что за четыре года они крестили (ранее в Америке. — Ред.) более 600 000 взрослых людей. Между 1524 и 1531 годами францисканцы крестили более миллиона мексиканцев. В письме из Мехико, датированном 27 июня 1529 года, Петр Гентский рассказывает, что осуществлялось 14 000 крещений в день.

В IV и V веках практиковался катехуменат, длительная подготовка к крещению, ее возродили только во время миссионерской деятельности XIX века. Испанские миссионеры предполагали, что новообращенные открыто признаются в своем понимании простейших истин.

Катехизис становился инструкцией для всех, как взрослых, так и детей, но только после крещения, никак не раньше. В 1541 году от индейцев Новой Галисии потребовали, чтобы перед крещением те поверили в единого Бога, создателя неба и земли, человека духовного и телесного, в первородный грех, божественность Христа, небо и ад, добрых и злых ангелов. Чтобы они признали себя подданными папы и императора. После крещения им следовало выучить ответы и публично произносить их в церкви в воскресенье и праздничные дни.

Порядок массового крещения вызвал тот же самый естественный результат, что и массовое обращение в христианство в Северной Европе в начале Средних веков: усиление магии, предрассудков и невежества. В одном городе Кортес оставил строжайшие предписания, чтобы жители поклонялись Христу. Они также должны были заботиться об одной из его лошадей, которая охромела. Жители преданно подчинились его требованиям. Они кормили лошадь фруктами и цветами, пока та не умерла. В их смятенных умах возникло предположение, что лошадь и Бог христиан одно и то же.