Хавьер оставался аристократом, отличавшимся обаянием и благородством, и в то же время оставался необычно простым и прямым в обращении. Возможно, Хавьер мог бы стать духовником выдающихся деятелей в Европе, духовным наставником двора какого-нибудь правителя в Южной Германии.

Из Гоа (юго-запад Индии), где он основал епископство, собор, процветавшие монастыри и многочисленные церкви, он перебрался в Траванкур (в современном штате Индии Керала, юго-запад полуострова Индостан), затем на полуостров Малакка и Малайский архипелаг, потом в Амбоину (Амбон, на острове Амбон, Молуккские острова) и снова в Траванкур. В 1549 году Хавьер отправился из Гоа в Японию, заручившись письмами к японскому императору.

После проповедования на улицах или дискутируя с монахами в Японии в течение двух лет, он вознамерился обратить в христианство Китай, так же как делал в Японии. Чтобы приобрести требуемые полномочия, он вернулся из Лионии в Гоа. Оттуда Хавер направился в Малакку и Южный Китай, но в конце 1552 года в возрасте 46 лет умер неподалеку от Макао.

Хавьер (Ксаверий) считался человеком, принимавшим неожиданные решения и обладавшим развитой интуицией, отличался энтузиазмом, всегда был готов проникать в новые земли и обращать в христианство неизвестные народы, подвергаясь всевозможным опасностям. Он не овладел ни одним из языков многочисленных народов, с которыми встречался, нигде не осел, но всегда шел вперед с неожиданным почти рыцарским напором.

Все, что происходит с людьми, было знакомо миссионерам Игнатия Лойолы. Хавьер же оказался выше остальных, самоотверженным, открытым и симпатизирующим в своих взглядах всем человеческим существам, мгновенно чувствовавшим себя легко и как дома среди индусов, мусульман или японцев.

Придерживаясь метода массового обращения, Хавьер использовал светские способы принуждения, предоставленные в его распоряжение португальскими властями. Он обращался к королю, когда считал, что власть помогает ему в его миссии. Хавьер практиковал массовые крещения, аналогично испанцам в Америке.

На рыбацком побережье около мыса Коморин (Канниякумари) он бродил от деревни к деревне, сопровождаемый своими переводчиками. Он мог собрать жителей вместе, позвонив в ручной колокольчик, читать Символ веры, Десять заповедей и молитвы к Господу и Богородице, уже переведенные на тамильский.

Когда аудитория после нескольких дней или недель хорошо знала слова и открыто заявляла о своей вере в церковные догматы, Хавьер крестил и делал это до тех пор, пока его руки отказывались подчиняться ему. После себя Хавьер оставлял катехизис, чтобы можно было крестить и женить, напоминать обращенным каждое воскресенье догматы веры, которую те приняли.