В Италии органы получили необычайное распространение. Нам довелось слышать об аудитории 30 000 человек, в 1608 году слушавших концерт Фрескобальди в соборе Святого Петра в Риме. Большинство итальянских концертов для скрипки писались для исполнения в церквах, особенно во время вознесения Гостии.

Полагали, что самой изумительной из барочных месс оказалась та, которую написал Орацио Беневоли для освящения Зальцбургского собора в 1628 году. Уравновешенность старой музыки проходила, наступило время открытых поисков страстей, эмоций, поэзии, всплеска чувств. Средневековая музыка осталась музыкой хора. В мир приходила музыка барокко.

В реформированных церквах органы не допускались. Не так-то легко понять, почему возникали подобные возражения. Органы наполняли церковь орнаментальными и неосвященными звуками, они доминировали над хором, пытаясь преодолеть пассивность конгрегации. В сознании реформаторов они представляли инструмент изысканности и суматохи, которую сметало их очищающее стремление к простоте.

Хотя Лютер не очень любил орган, он все же сохранился во многих лютеранских церквах и тем самым сделал возможным сочетание хора и органа, основав одну из величайших гордостей протестантской церковной музыки, хорал.

Однако в кальвинистских странах, за исключением Голландии, где сохранились превосходные органы, их предпочитали не использовать.

Огромное количество органов перенесли или продали, многие музыканты остались без работы. Сохранилась история об органисте из народной церкви в Цюрихе, плакавшем при виде топоров, разбивающих его великий орган. Однако истории о разрушении органов сильно преувеличены.

Многие органы продали в таверны или богатым людям, некоторые разбирались на части, которые продавались по отдельности, только несколько инструментов стояли в неработающем состоянии, пока толпа не разрушала их. Так, в соборе Вустера из труб органа сделали блюда для сбора пожертвований, известно и их использование для устройства кровати.

Необычный пример находим в городских отчетах, откуда он и извлечен. Он связан с красивым органом, находившимся в церкви Рива в Женеве в период жизнедеятельности Кальвина. В 1544 году обнаружили, что орган мешает проходу, тогда кто-то предложил, чтобы его перенесли в более просторную церковь Святого Петра.

Кальвин заявил, что перенос вызовет скандал, и тогда совет решил выставить орган на аукцион. Ответственные за продажу обнаружили, что отсутствует заглушка для трубы, сломан один из усилителей. Готовя инструмент к продаже, они заплатили за ремонт.