Настоящей причиной происшедшего затем раскола является неразумное низложение Игнатия, как упоминает далее Досифей: «Поскольку же в Константинополе находились представители Римского Папы, посланные для суда над иконоборцами, единомышленники Варды склонили их на свою сторону и, созвав в 861 году в Святой Софии Собор из 318-ти отцов, именуемый Первым и Вторым (имеется в виду Двукратный Собор 861 г.), вызвали с Митилены Игнатия и с дерзостью его низложили… И это неразумное деяние против Игнатия стало причиной осуждения Фотия за то, чего он не делал и о чем даже не помышлял»[180].

Папа Николай, имея и другие причины для действий против Фотия (главным образом болгарский вопрос) и пытаясь реализовать честолюбивые планы Римской Церкви на Востоке, воспользовался этой ситуацией для вторжения во внутренние дела Константинопольской Церкви и принял на собственном Соборе решение не признавать извержение Игнатия, а также низложить Фотия: «Он собирает свой Собор в Риме, состоящий из одних западных епископов, и низлагает Фотия на основании других обвинений прежде всего за то, что он был избран на патриарший престол из мирян и стал Патриархом при жизни Игнатия, за то, что несправедливо низложил Игнатия, был рукоположен Сиракузским Григорием, извергнутым до этого из сана Римскими епископами Львом и Бенедиктом, а также Игнатием, епископом Константинопольским, и наконец за то, что он отказался передать Болгарию Папе Римскому, что и являлось главным обвинением. Затем он посылает в Константинополь акт об извержении Фотия, а также всех им рукоположенных. В Константинополе расценили низложение папой Константинопольского епископа без Вселенского Собора как безрассудство, не признали акт об извержении и изгнали доставивших его. Царь Михаил пишет Николаю и порицает и упрекает его за суровость и жадность… Однако Николай не устыдился, но поступил еще более дерзко: написал царю и потребовал от него послать в Рим Фотия и Игнатия к нему на суд… Это вызвало раздражение у Фотия, и он написал окружные послания восточным патриархам с просьбой отправить к нему их представителей для суда над Римским Папой за то, что его миссионеры повторно помазали болгар миром, учили их поститься в субботу, вкушать молоко и сыр в понедельник и вторник первой седмицы поста, принуждали их священников соблюдать безбрачие и говорили, что Дух Святой исходит и от Сына. Однако, еще до прибытия представителей патриархов для открытия Вселенского Собора, Фотий, вынуждаемый дерзостью Римского Папы, созвал Собор и, изложив перед участниками Собора вышеупомянутые и другие обвинения против Римского епископа Николая, низложил Папу Николая и отправил акт о его извержении в Рим. А Николай в ответ созвал Собор в Риме и низложил Фотия во второй раз»[181].