Примерно в то же время, на рубеже XV–XVI веков, на Лыщиковой горе появился другой великокняжеский Покровский монастырь — близ пересечения Николоямской улицы и Земляного вала. (Почему-то до сих пор из книги в книгу кочует расхожая легенда, будто в нем еще в 1392 году принял иноческий постриг брат преподобного Сергия Радонежского, Стефан, хотя на самом деле он принял монашество в Хотьковом Покровском монастыре, к тому же намного раньше.) Этот монастырь тоже стоял на землях московских великих князей, и в 1504 году Иван III завещал его своему сыну Василию III. Здесь и начинается разноголосица. Одни считают, что это и был тот самый древний Покровский монастырь, располагавшийся в Старых Садех, и монастырей было не два, а один, да и расстояние между территориями обоих монастырей было невелико. Другие полагают, что все же это два разных монастыря, но одновременное существование двух великокняжеских одноименных обителей, поставленных столь близко друг от друга, кажется странным. И существует третья, самая убедительная версия, высказанная академиком Г. Мокеевым, по которой в самом конце ХV века Иван III перевел свой Покровский монастырь, что в Садех, на Лыщикову гору за Яузу, отчего монастырь стал именоваться „Лыщиковым“. Вероятно, это произошло после 1488 года, когда сильный пожар на Покровке уничтожил старый монастырь. Предлагают и такую версию: монастырь в Заяузье был основан частным лицом, возможно, по фамилии Лыщиков, и великий князь взял его к себе, чтобы перевести братию из Покровского монастыря в Садех.

По мнению Г. Мокеева, Лыщиков монастырь сгорел в нашествие на Москву крымского хана Девлет-Гирея в 1571 году… и вскоре был упразднен. Большинство же исследователей считают, что его упразднили несколько позднее и по другой причине. После набега крымского хана Казы-Гирея в 1591 году было решено выстроить вокруг Москвы новое кольцо крепостных укреплений — Земляной вал. При его возведении срыли часть высокого холма, на котором стоял монастырь, и в начале XVII века обитель была упразднена… После упразднения Покровского Лыщикова монастыря… осталась деревянная церковь, упоминаемая как приходская в 1625 году».

Кроме названных храмов, под 1531 годом в источниках можно найти «церковь Покрова Святей Богородицы» «на Новом» (совр. площадь возле м. «Кропоткинская», начало ул. Пречистенка и Остоженка). Ныне этой церкви не существует, но, как отмечают исследователи, «поблизости от нее было две церкви: одна — Сошествия Святого Духа с приделом Покрова, каменное здание которой возведено было в 1699 г., иначе ее называли церковью Покрова на Грязех; другая — церковь Воскресения Христова, „что слывет Новое“, на Остоженке в Киевцах на Грязи, с приделами Покрова и великомученицы Варвары, известна с 1625 г… Вероятно, прежде на месте этих церквей были деревянные Покровские храмы, память о которых сохранилась в посвящении придельных престолов и один из которых определенно подразумевается в приведенной летописной записи».