По убеждению митрополита Макария и царя Ивана Васильевича, православной России нужен был зримый символ ее величайшего духовного призвания, ее величайшей духовной миссии. Этим символом и стал вновь устроенный Покровский собор на Красной площади, или, как его начали вскоре именовать, «собор Покрова, что на Рву» (позднее, с конца XVI века, еще и «собор Василия Блаженного»).

Новый собор строился на месте, где стояла небольшая Троицкая церковь, в которой, возможно, к тому времени уже был похоронен известный московский юродивый Василий Блаженный. Первый, временный, деревянный Покровский собор поставили осенью 1554 года, и простоял он примерно полгода, пока не был разобран перед началом строительства каменного собора, сохранившегося до наших дней. По мнению некоторых исследователей, одновременно с деревянной Покровской церковью были возведены еще четыре обетные деревянные церкви: в честь Александра Свирского, Григория Армянского, Киприана и Иустины, а также Трех Патриархов Константинопольских. Все эти храмы были освящены во имя святых, в день памяти которых произошли важные события Казанского похода. Так, 30 августа (12 сентября н. с.) 1552 года, в день памяти Александра Свирского, состоялась одна из важных битв Казанского похода — разгром конницы царевича Япанчи на Арском поле. Этому же событию посвящена была церковь Трех Патриархов Константинопольских (Александра, Иоанна и Павла Нового), память которых отмечается тоже 30 августа (12 сентября н. с.). Накануне решительного штурма, 30 сентября (13 октября н. ст.) 1552 года, в день памяти Григория Армянского, была взорвана Арская башня г. Казани. Наконец, 2 (15 н. ст.) октября 1552 года, когда Церковь отмечает память мучеников Киприана и Иустины, войска царя Ивана IV взяли штурмом Казань.

В 1555 году началось строительство уже каменного собора, которое продолжалось шесть лет и закончилось в 1561 году. Нам известна точная дата окончания строительства: 29 июня (12 июля н. ст.) 1561 года, ее содержит храмозданная летопись, сохранившаяся на стенах Покровского собора. С момента освящения и до надстройки в 1600 году колокольни Ивана Великого Покровский собор был самым высоким сооружением Москвы.

Митрополит Макарий освящает Покровский собор.

Миниатюра Лицевого летописного свода. 1568–1576 гг.

Результатом шестилетнего строительства стало уникальное храмовое сооружение, объединившее на одном основании (фундаменте) девять храмов: центральный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы, прославляющий Богоматерь и ее заступничество за род христианский; четыре храма — Трех Патриархов Константинопольских, Киприана и Иустины, Александра Свирского и Григория Армянского — во имя святых, в день памяти которых произошли важные события Казанского похода; и еще четыре храма, связанные с различными важнейшими событиями русской церковной истории и церковными праздниками — во имя преподобного Варлаама Хутынского (почитавшегося заступником царского рода), Великорецкого образа Николая Чудотворца (этот образ в 1555 г. привозили в Москву, его поновлял лично митрополит Макарий), в честь Святой Троицы (в том числе и память о стоявшем на этом месте Троицком храме) и в честь праздника Входа Господня в Иерусалим. В 1588 году, после официальной канонизации Василия Блаженного, к собору была пристроена церковь над его захоронением.