Главная тема этого сочинения — опровержение доводов старообрядцев. Автор стремится уберечь православную паству от влияния «безумных мужиков», доказать ей, что «есть здесь в России во святых Божиих храмех благолепие». Кроме того, он стремится убедить читателей в том, что необходимо «слушати государей своих и пастырей и начальников».

«Увет духовный» показывает Афанасия Холмогорского как хорошего знатока святоотеческой и другой православной литературы, ведь в основу книги Афанасий положил многочисленные выписки из древних греческих и славянских книг. На этом материале он доказывал необходимость и истинность церковной реформы и «благочестие» изменения «старых» обрядов. Последователей же «старой веры» он обвинял не только в отступлении от истинной православной веры, но и в элементарном незнании и невежестве, называя их, как уже отмечалось, «безумными мужиками».

«Безумие» старообрядцев в конечном итоге оборачивается их «бесовством». В частности, именно «бесовским делом» старообрядцев он называл многочисленные акты самосожжения в старообрядческих общинах. По его убеждению, «огненная смерть», к которой прибегали старообрядцы в ожидании немедленного попадания в Царствие Небесное, на самом деле обрекает человеческую душу на вечную гибель, ибо сам человек не в силах решать, когда наступит его смертный час. Следовательно, массовое самоубийство, да еще в огне, — это истинно «бесовское дело».

Активное участие принял Афанасий Холмогорский и в полемике с «латинствующими» по поводу вопроса о времени пресуществления Святых Даров. Этому посвящена «Книга православного исповедания». Современный исследователь Т. В. Панич подробно проанализировала эту книгу, придя к выводу, что и здесь автор выступает в защиту православной точки зрения, подкрепляя свою позицию многочисленными выписками от «апостольских и отеческих догмат и преданий». Необходимо особо подчеркнуть последнее — в основе методологии Афанасия Холмогорского опять же лежало догматическое мышление. Ведь одной из главных задач он видел сохранение и укрепление византийских традиций, ориентировался на греко-византийскую догматику и святоотеческое наследие.

Другое полемическое сочинение, «Щит веры», помимо борьбы с «латинством» по вопросу времени пресуществления, написано еще и с целью опровержения иных католических и латинских идей, проникших на Русь. Эта книга готовилась к печати, но так и не была напечатана (на сегодня обнаружено 12 списков этой книги). «Щит веры» сыграл большую роль в борьбе «грекофилов» с «латинствующими», ибо, основываясь во многом на мнении Афанасия Холмогорского, церковный собор 1690 года принял решение, осуждающее «латинствующих».