По всей Палестине прокатилась волна мощных антиправительственных демонстраций и в дальнейшем из-за этого и из-за жестокой борьбы правительства с нелегальными иммигрантами отношения с администрацией еще более обострились. Немногие судна с беженцами успешно достигали берегов Палестины после того, как в Европе началась война. Так, в ноябре 1940 г. 1770 евреев прибыли в Хайфу на двух кораблях, но, поскольку британская политика сдерживала нелегальную иммиграцию в Палестину, было решено депортировать вновь прибывших на о. Маврикия в Индийском океане. Произошли кровавые столкновения, и «Хагана» в конце концов решила провести акт саботажа на судне «Патрия», которое везло беженцев на этот остров. Из-за ошибки в расчетах количества взрывчатки и недостаточного количества спасательных шлюпок на борту погибли более 250 иммигрантов[780]. На этот раз вмешалось английское правительство и объявило, что тем, кто остался в живых после трагедии на этом судне, разрешается остаться в Палестине, но беженцы с «Атлантики» (около 17 сотен человек), прибывшие одновременно с ними, должны быть высланы «без права возвращения в Палестину».
И это было не последним звеном в целой цепи трагедий. В начале 1941 года в Мраморном море затонуло судно «Сальвадор», при этом погибло двести человек. Трагический случай произошел с кораблем «Штрума», который в октябре 1941 года покинул черноморский порт Констанца и в декабре достиг Стамбула. Но так как британские власти объявили, что 769 пассажирам не разрешается высадиться в Палестине, турецкое правительство решило отправить корабль назад. В Черном море оно было торпедировано и затонуло со всеми пассажирами. Удалось спастись лишь одному или двум из них. Противодействие мандатных властей иммиграции было таково, что, когда в 1944 году закончился промежуточный период, установленный «Белой книгой», было использовано всего две трети разрешений на въезд из тех 75 000, в которых прежде было отказано. Все предложения еврейской вооруженной помощи полностью игнорировались. Когда вскоре после начала войны 136 000 представителей еврейской молодежи предложили свои услуги английским военным властям, к этому отнеслись с полным равнодушием. С другой стороны, репрессии не обошли стороной и «Хагану». В конце 1943 года было арестовано сорок три человека из ее руководящего состава, среди них и Моше Даян. Все они были приговорены к длительным срокам тюремного заключения. В сельскохозяйственных поселениях проводились обыски и аресты, в том числе и в детской деревне Бен-Шемен. Все найденное оружие было конфисковано, несмотря на протесты людей, нуждающихся в самозащите. Хотя и с перерывами, обыски и аресты продолжались на протяжении всей войны. В июле 1943 года Сахаров, бывший охранником Вейцмана, получил семилетний срок заключения за незаконное владение двумя винтовочными патронами. В ноябре этого же года житель киббуца Рамат-Хаковеш был убит во время обыска.