Со временем основным получателем средств из федерального бюджета стал Совет муфтиев России, чей аппарат разместился в Москве и мог более эффективно согласовывать вопросы освоения бюджетных средств. Именно представители Совета муфтиев чаще всего выходили с инициативами, требовавшими госфинансирования, однако не все они получали одобрение. Так, в 2000 г. федеральная власть без энтузиазма отнеслась к планам Совета муфтиев широко отметить исторически сомнительный 1400-летний юбилей (по мусульманскому календарю) с начала распространения ислама в России.

В итоге 1400-летний юбилей с начала распространения ислама в России не был внесен в федеральный план праздничных мероприятий, однако в некоторых регионах Совет муфтиев России смог заручиться поддержкой местных властей. Так, 14 февраля 2000 г. мэр Москвы Ю.М.Лужков подписал Распоряжение «О выделении ассигнований на проведение празднования 1400-летия начала распространения ислама в России» и рекомендовал столичным учителям обратить на это событие особое внимание учащихся⁷².

В начале первого десятилетия XXI в. растущее число мусульман, желающих выехать на хадж, сделало это ежегодное паломничество вопросом государственной важности. 18 июня 2002 г. по настоянию Саудовской Аравии был образован Совет по хаджу при Правительстве РФ, в который вошли представители всех крупнейших российских муфтиятов и ряд государственных чиновников. Этот совет был уполномочен решать все связанные с хаджем вопросы и делать его проведение максимально удобным для паломников, которые прежде нередко становились жертвами недобросовестных посредников⁷³.

Уполномоченным по хаджу стал депутат Госдумы Ахмад Билалов, баллотировавшийся по спискам движения «Рефах». К этому времени он прекратил свое участие в программах АбдулВахеда Ниязова и сконцентрировался на внешнеисламской деятельности. Трудами Билалова и его совета процедура выезда на хадж упростилась, однако при этом ежегодная квота российских паломников была сокращена.

Создание Совета по хаджу при Правительстве РФ поставило российских мусульман в привилегированное положение по отношению к религиозному большинству — для оптимизации православного паломничества таких структур создано не было. Впоследствии это особое положение закрепили еще несколько правительственных инициатив.

Одним из главных событий конца 2006 г. для исламского сообщества России стало создание Фонда поддержки исламской культуры, науки и образования, учрежденного 12 декабря 2006 г. и зарегистрированного 31 января 2007 г. Как говорится в учредительных документах Фонда, он был создан «с целью поддержки традиционных мусульманских религиозных организаций России и осуществляемых ими проектов, направленных на развитие исламской культуры, науки и образования; пропаганду толерантности, веротерпимости, недопущения исламофобии и разделения российского общества на национальной и религиозной почве; духовно-нравственное воспитание детей и молодежи; просветительскую деятельность по противодействию распространению экстремизма и терроризма; укрепление роли семьи в обществе и государстве крупнейшими религиозными организациями». Главным учредителем Фонда выступило Управление Президента Российской Федерации по внутренней политике⁷⁴.