В конце февраля — начале марта 2007 г. Аширов сделал ряд резких заявлений в отношении в отношении православных, иудеев и госчиновников, особенно ополчившись на факультативное преподавание «Основ православной культуры» в школе при российском посольстве в Гаване. «Решение родительского собрания не может идти вразрез с Конституцией. Если завтра родители захотят, чтобы их дети изучали «Майн кампф», это что, будет законно, и директор школы обязан будет идти у них на поводу? Есть же государственные нормы!» — заявил «Интерфаксу» Н.Аширов, назвав свою аргументацию «железной»⁵². В итоге за антисемитские заявления верховного муфтия извинилась пресс- служба Совета муфтиев, а за сравнение Евангелия с «Майн камфом» — сам Аширов лично⁵³.

«Выражая искреннее сожаление в связи с невольно причиненной обидой православной общественности, связанной с недостаточно точной интерпретацией моего мнения о преподавании «ОПК» в рамках обязательной школьной программы, приношу свои глубокие извинения», — заявил муфтий «Интерфаксу», однако позиции своей не поменял⁵⁴. В июле 2007 г. Аширов направил открытое письмо Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II, в котором в резких и оскорбительных выражениях потребовал от него принять меры в отношении настоятеля Казанского собора в Ачинске протоиерея Евгений Фролова, якобы разжигающего исламофобию и препятствующему строительству в этом городе мечети⁵⁵. Довольно быстро выяснилось, что мусульманская община в Ачинске в подчинение Аширова не входит и главной проблемой в строительстве для нее мечети является отсутствие средств, а не чья-то позиция, однако «верховный муфтий Азиатской части России» продолжил развивать свою атаку на Русскую Православную Церковь⁵⁶.

В августе 2007 г. он выступил одним из подписантов антицерковного письма «Клерикализм — угроза национальной безопасности», авторы которого — по преимуществу лидеры Совета муфтиев России и союзные им мусульманские журналисты, солидаризировались с нашумевшим «Письмом десяти академиков», выступали против «феодально-государственной монополии на веру» и требовали, чтобы «клерикализму во всех его видах был поставлен надежный заслон»⁵⁷. Это Письмо стало своеобразным продолжением «Открытого письма мусульманской общественности президенту В.В.Путину», опубликованного 5 марта 2007 г. в газете «Известия» за подписью тех же фигурантов. В «Открытом письме» Аширов и его единомышленники требовали от властей прекратить преследования террористов и экстремистов, вину на которых они возлагали на «оборотней в погонах»⁵⁸.