Псково-Печерский монастырь сразу же оказался на прицеле властей. На Троице-Сергиеву лавру они не покушались — это, как говорилось выше, был монастырь «представительский», «для иностранцев». А вот далекая от Моск- вы небольшая обитель выглядела беззащитной. И вполне вероятно, что участь монастыря действительно была бы решена, если бы не мужество и принципиальность о. Алипия. В этом мужестве его укрепляла фраза, которую адресовал ему незадолго до своей смерти прозорливец иеросхимонах Симеон: «Действуй смело, тебе ничего не будет».

Атаки на монастырь были разнообразны — то «по мелочам», то масштабные. И на каждую у о. Алипия находился остроумный, а главное — действенный ответ. Так, когда у монастыря решением Печорского райсовета отобрали все хозяйственные угодья и пасти тридцать монастырских коров стало негде, он выпустил скотину прямо на Успенскую площадь, на прекрасные клумбы с цветущими розами. Находившаяся тогда в монастыре делегация представителей иностранных компартий ошалело наблюдала за тем, как коровы, мыча, топчут дивный розарий. Представители Псковского обкома, задыхаясь от негодования, бросились к наместнику, но тот лишь пожал плечами:

— А что делать? Пастбища у нас отобрали, а коров пасти ведь где-то надо.

Так пастбища вернулись к монастырю.

В другой раз из города пришли отбирать ключи от Богом зданных пещер — в них запрещалось служить панихиды. Архимандрит повернулся к своему келейнику и без тени юмора приказал:

— Корнилий, давай сюда топор — головы рубить будем.

Комиссия в смятении ретировалась (мало ли — вдруг не шутит?..), но потом всё же вернулась. Ведь на руках у о. Алипия был указ его прямого начальства — архиепископа Псковского и Порховского Иоанна: панихид в пещерах не служить, ключи передать.

— Получили вы этот указ?

— Получил.

— Почему не выполняете?!

— Потому что указ составлен под давлением и в минуту слабости духа. А я слабых духом не слушаю, я слушаю только сильных духом.

Писателем Валентином Курбатовым описан и такой эпизод: «К приезду очередной государственной комиссии по закрытию монастыря архимандрит Алипий вывесил на Святых вратах извещение, что в монастыре чума и в силу этого он не может пустить комиссию на территорию монастыря. Во главе комиссии была председатель областного комитета по культуре Анна Ивановна Медведева. Именно к ней и обратился отец Алипий:

— Мне своих-то монахов, дураков, извините, не жалко. Потому что они всё равно в Царствии Небесном прописаны. А вас, Анна Ивановна, и ваших начальников пустить не могу. Я ведь за вас на Страшном Суде и слов-то не найду, как отвечать. Так что простите, я вам врата не открою».