В 1920–1940 годах делами обители управляла Печерская епархия Эстонской Православной Церкви. Монастырь в эти годы был своеобразным островком старой России; его посещали многие русские, оказавшиеся в эмиграции, в частности, знаменитые писатели И. А. Бунин и И. С. Шмелёв. Княгиня Зинаида Шаховская, вспоминая посещение монастыря в начале 1930-х, писала: «Три дня провела в Печорах — в России — не скрою: почувствовала себя там больше на родине, чем в Москве в 1956 году». В 1920-х были капитально отремонтированы храмы и корпуса монастыря, в 1925-м, согласно положениям земельной реформы, монастырь лишился большинства своих земельных владений. С 1935 года в монастыре работала духовная семинария, сделавшая три выпуска. В 1936 году Эстонская Православная Церковь перешла под управление Константинопольского Патриархата, но продолжалось это недолго — летом 1940-го Эстония вошла в состав СССР, а в мае 1941-го Эстонская Церковь присоединилась к Московскому Патриархату.
С установлением в Печорах советской власти земли монастыря были реквизированы, а саму обитель ожидала ликвидация — вместо нее должен был появиться музей. Ризница, где хранились бесценные предметы церковной старины, 21 сентября 1940-го была опечатана, книги из библиотеки вывезли в Тартуский университет, Михайловский и Успенский соборы действовали как обычные приходские храмы. Дошло до того, что насельники монастыря вынуждены были платить за проживание в келиях, а сама обитель переименована в «Печерскую христианскую Успенскую мужскую трудовую общину». Но за год дело до музеефикации так и не дошло — как писала заместитель городского головы Печор А. А. Пяллинг, «уж очень много было работы по раскулачиванию и национализации земли».
10 июля 1941-го Печоры были без боя заняты вермахтом. Три с лишним года монастырь оставался на территории, где хозяйничали фашисты. Наместник, игумен о. Павел (Горшков), всеми силами старался сохранить быт и дух древней обители нетронутым, но в сложившихся условиях это была невероятно трудная задача. Монастырь неоднократно подвергался бомбардировке с воздуха, некоторые насельники при этом были убиты и ранены. 18 марта 1944 года оккупанты вывезли из обители четыре огромных ящика с древними сокровищами монастырской ризницы. А в августе 1944-го, когда фронт подошел вплотную к городу, в монастырь пришел представитель немецкой военной комендатуры и потребовал у монастырского начальства письменного согласия братии на ее эвакуацию в Германию. Возглавлявший переговоры с оккупантом архимандрит Никон (Мико, 1874–1952) сослался на плохое знание немецкого языка и попросил прийти снова — уже утром, с переводчиком. Когда немец ушел, вся братия во главе с иеросхимонахом Симеоном (Желниным) встала на молитву в Успенском соборе, перед ракой с мощами преподобного Корнилия и чудотворным образом Успения Божией Матери. Некоторые считали, что нужно покинуть монастырь и отступать вместе с немцами в Эстонию, другие — что следует предаться воле Божией и остаться в обители, чтобы разделить ее участь. Последнее мнение победило. Иеродиакон Иона сказал тогда: