Самая служба о. Иоанна была необычайно осмысленной, наполненной до краев. Он никогда не проговаривал скороговоркой «Слава Отцу и Сыну и Святому Духу» — каждое слово было весомым, выпуклым, нагруженным смыслом. Таким же было чтение Евангелия — казалось, что он всякий раз впервые переживает описываемые в Книге Книг события, присутствует при них. Его молитва влекла за собой, переворачивала душу, в каком бы состоянии человек ни пришел в храм. Описаны случаи, когда со служб о. Иоанна выходили с мокрыми глазами люди, совершенно до того равнодушные к вере. А те, кто не знал его в лицо и видел впервые в храме, среди других монахов, сразу же узнавали его, причем сами не могли толком объяснить, как именно.

Да и сам он, бывало, служил со слезами. «Как молитвенно проходили пассии! — вспоминала Т. П. Зотова. — С каким сердечным сокрушением, когда их возглавлял отец Иоанн! В какую-нибудь пассию он обязательно говорил проповедь. Храм был так набит молящимися, что невозможно было поднять руку, чтобы перекреститься. Вот акафист прочитан, батюшка встал у Распятия. И едва только он начинал говорить, как слезы текли по его лицу, и невозможно было при этом остаться равнодушным, и весь храм заливался слезами вместе с ним».

Очень серьезно о. Иоанн относился к клиросному пению. «Регент должен быть как солнышко, навстречу которому раскрываются все цветочки», — наставлял он руководителя церковного хора. К идее возрождения в полном объеме старинного знаменного пения он относился скептически, говорил, что в храме должны звучать только те песнопения, которые знакомы и понятны всем прихожанам. «Сам отец Иоанн пел очень хорошо, — вспоминал о. Владимир Правдолюбов. — Воодушевленно, энергично, с чувством. Мы с ним и вместе пели — он первым голосом пел, а я вторым».

…Другим послушанием, занимавшим массу времени, была переписка. После 1981-го письмоводительницей старца была поселившаяся в Печорах Татьяна Сергеевна Смирнова, и основная тяжесть переписки ложилась на ее плечи. Приходили на имя батюшки и письма, и телеграммы, и посылки, и денежные переводы. Иеромонах Никон (Горохов): «Я могу засвидетельствовать: будучи почтальоном, я приносил батюшке почту и денежные переводы; и не было случая, чтобы хоть один перевод он забрал себе — он всё отдавал монастырю и ничего не оставлял для себя». Кстати, монастырю о. Иоанн отдавал и свою пенсию. А тем, кто передавал ему письма, всегда ласково говорил: «Ну, почталиону (он произносил именно так, через „и“) — честь по закону», и непременно давал какой-нибудь гостинец.