Лето 1988 года прошло в монастыре под знаком великих торжеств 1000-летия Крещения Руси. Состоялись торжественный крестный ход вокруг Михайловского собора и молебен по особому чинопоследованию, которое прислал из Москвы новый архиепископ Псковский и Порховский Владимир (Котляров). 12 июня о. Иоанн произнес по поводу юбилея прочувствованное слово, где охарактеризовал церковную историю России, разделив ее на семь периодов:

— Шестой период — от Первой мировой войны и доныне. Этот период соответствует Тайне Причащения. Никогда русский народ, малое стадо, так искренне не соединялся с возлюбленным ему Христом как теперь, когда неверующие попирают святыни, когда князем мира сего попущено до времени опять явить свою силу и власть. И мрачный злой дух напрягается, но народ русский очищается и особенно омывается страданием подвигов жизни крестной, еще яснее соединяющей его с Христом.

И даст Господь в седьмой период восполнить сосуды веры христианской и Сам освятит русский народ Своею благодатию, которая дает силы во имя Сына Божия снова и снова свободно избирать людям Царство Божие — Царство Небесное — целью жизни на земле. И будет соответствовать этот период Святой Тайне Рукоположения. И станет русский народ священным народом, утренней звездой между народами.

…19 июля 1988 года произошли крупные перемены и во внутренней жизни обители. Определением Священного Синода наместник архимандрит Гавриил был назначен епископом Хабаровским и Владивостокским. Как и в случае с о. Алипием, закончилась целая эпоха в жизни монастыря — «гаврииловская».

На положении о. Иоанна перемены сказались немедленно — уже через неделю, 26 июля 1988 года, он был назначен братским духовником обители, сменив архимандрита Феофана (Молявко). В этой должности батюшка находился до апреля 1993-го. А в середине августа 1988-го на смену о. Гавриилу прибыл 36-летний архимандрит Павел (Пономарёв, род. 1952), до этого занимавший пост начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме.

Вспоминает Патриарший Экзарх всея Беларуси митрополит Минский и Заславский Павел: «Мне выделили келью в братском корпусе. В соседней келье проживал архимандрит Иоанн (Крестьянкин).

В первый же день моего прибытия я познакомился с отцом Иоанном. Первое мое впечатление об отце Иоанне, как и обо всей братии, было самое доброе. Ровное, доброе, спокойное отношение успокоило меня. Не скрою, что волнение ощущал всю дорогу. Ведь это было мое первое посещение обители, да к тому же я постриженник другого монастыря.

Первое, что в обители произвело на меня впечатление, — простота. В отличие от Троице-Сергиевой Лавры, где я начинал свое служение в Церкви, мне бросилось в глаза то, что здесь братия приходит на обед не по полной форме, как в Лавре, а в подрясниках. В общении между собой всё гораздо проще, чем в Лавре. На территории обители гораздо меньше туристов.