А за стенами обители между тем ширился поток преобразований, безвозвратно менявших страну и общество. Одним из самых модных понятий стала «гласность», под которой чаще всего подразумевалась свобода публикации в СМИ всяческой «чернухи», клеветы и откровенной лжи. О. Иоанн с недоумением и огорчением узнал, что и его имя используют в корыстных целях нечистые на руку люди. Так, в одном из московских ротапринтных журналов он обнаружил статью «Письмо священнику», подписанную его собственным именем. Пришлось составлять специальное письмо на имя Псковского владыки Владимира, где о. Иоанн объяснял, что не имеет к публикации ни малейшего отношения.

Весной о. Иоанну предложили совершить паломничество в Иерусалим. Но здоровье 79-летнего человека уже не позволяло предпринимать такие поездки, и 9 мая 1989-го батюшка послал на имя главы Отдела внешних церковных сношений митрополита Минского и Слуцкого Филарета (Вахромеева) письмо, где с грустью разъяснял причины своего отказа: «Нынешнее мое физическое состояние подрезает крылышки душе, дерзнувшей осуществить желаемое. Простите, вряд ли возможно для меня сейчас столь дальнее путешествие-паломничество, и тем более в это время года. Пережитые дни Страстной и Светлой седмиц так явственно заявили, что силы мои убывают, а восстанавливаются только в довольно длительном отдыхе». Да и более близкие путешествия были уже тяжелы. Даже на просьбу старого друга епископа Волоколамского Питирима посетить освящение нового храма в Иосифо-Волоколамском монастыре батюшка вынужден был отвечать отказом. «Получил, и порадовался, и погрустил, — писал он владыке Питириму. — Порадовался, что еще открываются Божии храмы, а погрустил, что не могу принять участие в столь великом торжестве. Курс лечения, который я прохожу сейчас, уже начат, а общее состояние мое требует, чтобы я прошел его до конца. Круглосуточное многолюдие каждого года начинает сказываться всё ощутимее и верно еще усугубляется бременем лет, ведь мне идет 80-й год, и теперь без месячного затвора-отдыха, и лечения, и уединения в лоне природы не хватает моих сил, чтобы совершать благословенное мне дело — служение людям».

Месячный затвор-отдых, о котором шла речь в этом письме, — это единственный возможный для батюшки недлинный вояж в эстонское село Вярска (по-русски оно когда-то называлось Верхоустье), в тридцати километрах от Печор. Там он начал бывать ежегодно с лета 1985-го. Вярска находится на западном берегу Псковского озера, в непосредственной близости от границы с Россией. Место очень живописное и, главное, тихое: в то время там почти не было туристов. В Вярске о. Иоанн селился в маленьком одноэтажном домике по адресу улица Силла (Silla), 1. Там жил диакон местного храма о. Михаил, очень любивший и почитавший батюшку; его семья занимала половину дома, а вторую предоставляли о. Иоанну.