Но молитвенная жизнь в келии продолжалась — по выражению о. Серафима (Романцова), батюшка погружался в молитву, как рыба в воду, в ней было для него и утешение, и лекарство, и сила. Причем дополнительно к обычному молитвенному правилу о. Иоанн установил еще и собственное. По мере чтения духовной литературы он выписывал понравившиеся ему молитвы в особый блокнотик, который сам называл келейной книжицей. Таким образом за четверть века в нем накопилось 27 молитв, записанных на 82 страницах. В 2005 году старец подарил этот блокнотик Т. С. Смирновой, и два года спустя он был издан — сперва небольшим тиражом, а в 2009-м — уже широким. Причем издание точно воспроизводило все особенности оригинала, вплоть до чернильных клякс на страничках.

На вопрос, как именно молился о. Иоанн, Татьяна Сергеевна Смирнова отвечала так:

— Это один Господь и знает, как он молился, когда оставался один, больше никто. Могу только сказать, у него в келье не был заведен большой свет. Он молился в полумраке. На столике стояли два ночника, перед иконами горели лампады. Один он оставался только ночью. Всё остальное время с раннего утра до самого вечера занимали посетители и послушания. Но батюшка умел молиться и без особых условий, он молился постоянно, несмотря на суету вокруг, и молитва его была очень действенная. Сколько раз я на себе это проверяла! Бывало, прибежишь к нему с какой-то бедой, он прочитает один только тропарь перед Казанской иконой, и всё налаживается! А нас он учил: «Каждый день обязательно садись в креслице или на диванчик и посиди, и подумай — просто под Богом посиди». Не спешить в углу, читать быстро, а думать о своем, а помолчать, подумать, «перед Богом побыть». Но при этом батюшка говорил, что правило все-таки всегда остается правилом и оставлять его нельзя: «Неужели ты лучше выдумаешь, чем Василий Великий или Иоанн Златоуст?», — говорил о. Иоанн.

Продолжало входить неземной радостью в земную жизнь старца Светлое Христово Воскресение (в 1999-м и 2004-м оно совпало с его днем рождения, 11 апреля). В Великий Четверг он сам читал двенадцать Евангелий, и только в 2005-м его сменил в роли чтеца игумен Филарет. К Пасхе келия о. Иоанна приобретала торжественный, праздничный вид, а сам он в полном облачении садился у окна, глядя на купола Успенского собора. Когда в полночь на его ступеньках виднелся фонарь, предвестник крестного хода, батюшка чуть слышно начинал петь стихиру «Воскресение Твое, Христе Спасе, ангели поют на небесех…». Всю службу батюшка уже не мог отслужить — засыпал в изнеможении. Но непременно просыпался, когда у Михайловского собора звучал Пасхальный тропарь, и пел вместе с братией. Так же торжественно отмечались в его келии и другие великие праздники. На Троицу вся она зеленела березовыми ветками, на Рождество Христово устраивался вертеп из еловых ветвей.