Его по-прежнему причащали ежедневно. Келия полнилась народом. Днем вслух читали Евангелие. А каждый вечер после окончания уставных служб к батюшке приходила братия. Тесная комнатка не могла вместить всех, поэтому садились в изголовье постели о. Иоанна, на диванчике, прямо на полу. Горели свечи, читалась вслух Псалтирь. Все понимали, что присутствуют при последних днях жизни старца… 5 января о. Иоанн, изменившись в лице и глядя куда-то поверх голов присутствующих, попросил: «Господи, возьми меня скорее отсюда». На следующий день снова попросил: «Разреши меня скорее, Господи». Никаких лекарств он больше не принимал — ему не ставили капельницу, не делали уколов.

Татьяна Сергеевна спросила у него, какие еще праздники они встретят вместе. Батюшка, не задумываясь, ответил:

— Рождество, Крещение, а потом… — И умолк.

Прошло Рождество Христово. Состояние батюшки внешне улучшилось, он даже начал подниматься к трапезному столу. Миновало Крещение Господне. 25 января, как бы ни к кому не обращаясь, батюшка произнес: «Еще одну недельку потерпим…» Но срок пришел не через неделю, а чуть позже.

День 4 февраля ничем не отличался от прочих, разве что о. Иоанн несколько раз спрашивал у близких, который час. Утром во время причастия он сам прочел «Ныне отпущаеши…». Вечером в келии служили всенощное бдение святым Новомученикам и Исповедникам Российским. Последним батюшку посетил инок Варух (Буш), о котором у о. Иоанна было особое попечение: он всегда приветствовал его ласковым возгласом «Варушонок пришел». Зашел и иеродиакон Прохор (Андрейчук), но батюшка уже отдыхал, беспокоить его не хотелось; гость поцеловал его руку и вышел.

Утром 5 февраля, в воскресенье, в день Собора Святых Новомучеников и Исповедников Российских, о. Иоанна облачили в белый подрясник и праздничную епитрахиль. Было видно, что старец крайне утомлен. Татьяна Сергеевна померила ему давление, но оно оказалось нормальным. Прозвучал канон Святой Троицы восьмого гласа воскресной полунощницы. Келейница спросила:

— Будем ли причащаться?

В ответ старец молча кивнул. После причастия о. Филарет прочел «Ныне отпущаеши…». Некоторое время он сомневался, идти ли на позднюю Литургию или нет. Но, посоветовавшись с келейницей, всё же решил идти.

Вспоминает Т. С. Смирнова: «Батюшка прикрыл глаза и слегка повернулся направо. Половина десятого. Через пятнадцать минут ударил колокол к службе, праздничный звон наполнил келию. И в этот момент я поняла, увидела, что батюшка не откроет больше глаз. Он ушел. Таинство смерти свершилось. В божественной тихости, под благовест, закончил отец Иоанн свое земное поприще. Посидела, еще не веря случившемуся. Протянула руку к пульсу, и он подтвердил то, чему не хотелось верить. Батюшка перешел порог земной жизни тихо, неприметно».