Первую заупокойную литию в келии старца совершил наместник обители архимандрит Тихон с братией. 6 февраля в 14.30. в обитель приехал архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий. Снова была совершена заупокойная лития, после которой гроб с покойным под звон всех колоколов монастыря с крестным ходом под пение «Святый Боже…» перенесли в Сретенский храм. После третьей заупокойной литии владыка Евсевий произнес прощальное слово. Началось чтение Евангелия. В 17 часов архимандрит Тихон совершил парастас, после чего чтение Евангелия продолжилось.

На следующий день, 6 февраля, в Сретенском храме наместник монастыря совершил соборную панихиду. На протяжении дня над гробом покойного читали Евангелие, служились панихиды и заупокойные литии, в 17 часов парастас совершил епископ Зарайский Меркурий. А в Святые врата монастыря продолжали и продолжали входить приехавшие проститься с о. Иоанном люди. Казалось, население Печор в эти дни увеличилось в несколько раз. Из автобусов и машин с российскими, белорусскими, эстонскими, латвийскими номерами выходили люди, объединенные общей скорбью — знавшие и не знавшие друг друга, но единые в любви и благодарности к о. Иоанну…

6 февраля новость о кончине батюшки облетела весь православный мир. О ней говорили с амвонов священники после проповедей, ее с плачем передавали из уст в уста в храмах, телефонными звонками, эсэмэсками, по электронной почте, письменно. Проводники поездов, уходивших из Москвы и Петербурга в Псков, изумленно рассматривали пассажиров — почти все они были священнослужителями разных рангов. С привокзальной площади Пскова многочисленные заказные автобусы и такси также уходили по одному маршруту — в Псково-Печерский монастырь.

Ольга Борисовна Сокурова успела на поезд Петербург — Псков в последний момент: «Успеть нереально. Но отступиться, вернуться домой и согласиться с тем, что не попрощаюсь с духовным отцом, тоже совершенно немыслимо. Остается одно: двигаться вперед как можно быстрее, положившись на милость Божию и батюшкину помощь, сделать со своей стороны всё возможное и невозможное, а там уж как Бог даст. <…> Вот я уже на вокзале, подбегаю к кассе. Вторым в очереди стоит мой знакомый. Это замечательный врач, очень отзывчивый человек, прежде часто бывавший у батюшки. Он говорит мне: „Ольга Борисовна, становитесь в очередь вместо меня. Я забыл дома паспорт. Звонил сыну в надежде, что он подвезет, но телефон всё время занят, должно быть, сын увяз в Интернете. Значит, мне не суждено. Поезжайте, помолитесь о нас у гроба отца Иоанна“. Горячо поблагодарив, беру билет».