Утро 7 февраля выдалось ярко-солнечным и очень морозным — ниже минус тридцати. По Кровавой дороге струился нескончаемый поток людей. Казалось, что весь православный мир пришел проститься с батюшкой. В Сретенский храм уже невозможно было протиснуться — всю Успенскую площадь запрудили паломники. Позднюю Божественную литургию возглавил архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий (Саввин), сослужили ему архиепископ Рязанский и Касимовский Павел (Пономарев, в 1988–1992 годах настоятель обители), архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл (Наконечный), архиепископ Новгородский и Старорусский Лев (Церпицкий), епископ Зарайский Меркурий (Иванов), наместник Свято-Успенского Псково-Печерского монастыря архимандрит Тихон (Секретарев), наместник Московского Сретенского монастыря архимандрит Тихон (Шевкунов), представитель Американской Православной Церкви при Патриархе архимандрит Закхей (Вуд), о. митрофорный протоиерей Димитрий Смирнов, ректор Свято-Тихоновского гуманитарного университета о. протоиерей Владимир Воробьев, представители Грузинской и Эстонской Православных Церквей, более ста двадцати священнослужителей Псковской и многих других епархий.
После Литургии слово взял владыка Евсевий:
— Угас светильник нашей обители, угас светильник на нашей земле русского Отечества. Перестало биться беспокойное сердце отца Иоанна. В своей жизни он любил Господа, любил Пречистую Деву Марию, любил святую обитель, и, наверное, каждого из нас он ласкал своим сердцем. Исполняя заповедь о любви к Богу и людям, он непрестанно возносил славу и благодарение Богу. Где бы он ни находился: в храме, в келье, в заточении — он всегда ревновал о Славе Божией. И эту Славу Божию он выражал в своем служении и в своей проповеди… А теперь прошу всех вознести усердные молитвы нашему Господу и Пречистой Деве Марии, потому что сегодня мы почитаем образ Преблагословенной Девы Марии «Утоли моя печали». Это тоже знаменательно: батюшка ушел в воскресный день из этой жизни к воскресению для жизни вечной, в день почитания Новомучеников и Исповедников Российских, потому что он сам в этой жизни был и мучеником, и исповедником Правды Божией. А сегодня в день его погребения мы почитаем и чтим Пречистую Деву Марию, которую он всем сердцем любил, а Она — «Утоли моя печали» — да утолит печаль нашу, и да будет Она покровом и путеводительницей в жизнь вечную нашему дорогому усопшему новопреставленному отцу Иоанну. Помолимся о его душе.
На отпевании, которое проходило по монашескому чину, в храме присутствовали полторы тысячи человек. Перед пением «Со святыми упокой» надгробное слово произнес архиепископ Рязанский и Касимовский Павел: