Наверняка в этот миг многие из присутствующих вспомнили слова из проповеди батюшки, посвященной Иоанну Богослову — апостолу, по имени которого был наречен в монашестве сам о. Иоанн:

— Ослабевший столетний старец, труженик Христов, говорит последнюю проповедь: «Дети, любите друг друга! Это заповедь Господня, если соблюдете ее, то и довольно»…

Стройно звучал прощальный хор. Слез никто не стеснялся. Плакали седые владыки и молодые монахи, плакали духовные чада и те, кто знал о. Иоанна только по книгам и аудиозаписям его проповедей… И тут же звучало: «У Бога смерти нет, у Него все живы. Отец Иоанн уже молится за нас у Престола Господня». Людской поток к гробу не иссякал несколько часов.

После прощания духовных чад гроб с телом почившего старца под пение ирмосов «Помощник и Покровитель…» пронесли по Успенской площади в Богом зданные пещеры. Но люди не расходились еще очень долго. Вспоминает О. Б. Сокурова: «На площади перед Успенским собором после погребения щедро раздавали народу пирожки, конфеты, разливали горячий чай. Потом вынесли пачки фотографий отца Иоанна. Их брали с бою, толкаясь, волнуясь, что не достанется, со всех сторон умоляюще протягивая руки и счастливо прижимая к сердцу и устам дорогую „добычу“. Всё это выглядело, конечно, совсем не чинно, но как-то по-детски непосредственно. Я тоже впала в совершенное детство и вела себя ничуть не лучше остальных. Наверное, батюшка в это время смотрел на нас сверху и улыбался: „Други мои, чадца Божии! Да благословит вас всех Господь!“».

Местом последнего упокоения о. Иоанна стала пещера, где сорок три года стоял гроб с телом преподобного Симеона (Желнина). На протяжении следующих сорока дней не иссякал поток прощавшихся с батюшкой. Многие обращали внимание на то, что дни поминовения сопровождались празднествами в честь Божией Матери: в день похорон чтили икону «Утоли моя печали», на двадцатый день — Иверскую, 15 марта — Державную. В Богом зданных пещерах стоял острый, тонкий запах свежих цветов, трепетали копьеца свечей. Можно было сотворить молитву, приложиться к гробу, обнять его. И гладкое дерево под руками оказывалось неожиданно теплым.

Множество народу приехало в монастырь и на сороковины, 16 марта. Архиепископ Псковский и Великолукский Евсевий с сонмом псковского духовенства, архимандритом Тихоном и братией совершил панихиду в Богом зданных пещерах у могилы о. Иоанна. Ольга Сокурова так вспоминает об этом: «И снова был необычайно красивый день: белый снег, синее-пресинее небо, ослепительное солнце. Но на этот раз оно уже ощутимо пригревало. Чувствовалось приближение весны. Боль растаяла, исчезла. На ее место пришла пасхальная светлая радость. Батюшку торжественно проводили в Жизнь Вечную».