С медициной тесно связана алхимия, одна из первых дисциплин, которой занялись арабы. В алхимию, как и в медицину, особый вклад внесли арабы более позднего периода. Халид (умер в 704 или 708 г.), сын Язида I, по легенде, считается первым ученым и философом (хаким) ислама. Если верить «Фихристу», он первым перевел греческие и коптские труды по алхимии, медицине и астрологии. Доля истины в этом утверждении состоит в том, что арабы получили свой первый импульс и первые научные знания из греческих источников. Легенда до сих пор связывает имя этого омейядского правителя с именем Джабира ибн Хайяна (латинизированная форма Гебер). Джабир жил намного позже этого времени (ок. 776 г.), и о нем мы поговорим позже. Аналогично и алхимические и астрологические трактаты, которые приписываются Джафару ас-Садику (700–765), одному из двенадцати шиитских имамов, современные ученые признают подделкой.

В период Омейядов также зародились несколько религиозно-философских движений, часто называемых сектами. Контакт с христианством в Сирии натолкнул мусульман на богословские размышления, которые и привели к появлению некоторых из этих школ мысли. Одной из них были мутазилиты («обособившиеся»), школа рационализма, основанная в Басре Василом ибн Атой (умер в 748 г.). Их основная доктрина заключалась в том, что мусульманин, совершающий смертный грех (кабира), выбывает из рядов правоверных, но при этом не становится неверным; он занимает среднее положение между этими двумя. Ученик аль-Хасана аль-Басри, который какое-то время склонялся к таким взглядам, Васил сделал ее центральным пунктом в учении мутазилитов. Другой центральной доктриной было отрицание того, что с Богом сосуществуют божественные атрибуты, такие как сила, мудрость, жизнь, на том основании, что подобные концепции разрушают единство Бога – основной и наиважнейший догмат ислама. Более того, всемогущество Бога в их понятии ограничивалось требованиями справедливости. Поэтому мутазилиты предпочитали называть себя «сторонниками справедливости и единства». Их движение достигло апогея при аббасидском халифе аль-Мамуне в Багдаде, который в интеллектуальном плане начал с того, на чем закончили Басра и Куфа.

Учение о свободе воли в то время разделяла и другая группа, так называемые кадариты (от «кадар», «могущество»), противоположная джа бритам (от «джабр», «принуждение»). Кадариты возникли как реакция против исламского догмата о жестком предопределении, следующем из всемогущества Бога, как подчеркивается в Коране, и выдают христианское влияние. С их точки зрения, человек сам управляет своими поступками. Это была самая ранняя философская школа в исламе, в нее входили два халифа – Муавия II и Язид III.