Бурное правление брата Джейша Харуна (896–904) стало еще беспокойнее после появления карматов. Эта экстремистская шиитская секта, родственная исмаилитам и фатимидам, получила свое название от имени иракского крестьянина Хамдана Кармата. По сути своей эта организация была тайным, примитивно коммунистическим обществом, куда принимали только посвященных. Около 890 года Хамдан выбрал своей новой ставкой предместье Куфы. Девять лет спустя его последователи стали хозяевами в независимом государстве на западном побережье Персидского залива. Из этих двух центров они во все стороны распространяли опустошение. В течение всего периода Омейядов мусульманская Сирия придерживалась ортодоксального суннизма; однако навязанный ей ненавистный режим Аббасидов открыл путь для распространения учения алидов, которые и подготовили сирийцев к восприятию доктрины карматов. Как в Византийской Сирии население пыталось сохранить свой национальный характер, упорно держась за христианские доктрины, которые византийцы считали еретическими, так же теперь они были готовы воспринять ультрашиитские и антиаббасидские взгляды. Наступление карматов на Сирию возглавил Ибн Зикравейх. Разгромив гарнизон Тулунидов, он осадил Дамаск (901), покорил Химс, перебил множество народа в Хаме и Мааррат-ан-Нумане и почти истребил жителей Баальбека. Саламия, позднее ставшая центром исмаилитов-ассасинов, сдалась перед ним. Во многих сирийских мечетях его имя поминалось в пятничных молитвах как имя ожидаемого махди.

В 902 году халиф послал против карматов талантливого военачальника, который, одержав победу и заручившись верностью сирийских вассалов, отправился завоевывать Египет. Тем временем Харун был убит, и его преемником стал его дядя Шейбан (904–905). В 904 году полководец Аббасидов достиг столицы Тулунидов Аль-Катаи, сровнял ее с землей, отрубил головы двадцати Тулунидам, а остальных мужчин этого рода отправил в цепях в столицу империи. В следующем году последний известный в истории Суфьянид развернул белый флаг в Сирии, но тоже был схвачен и отправлен в Багдад. Народ, о котором когда-то говорили, что он не признает никакой иной власти, кроме власти бану умайя, очевидно, в конце концов утратил свой боевой дух и смирился с правлением чужаков.

Военачальником, который от имени Тулунидов защищал Дамаск от карматов, был тюрок из Ферганы по имени Тугадж, чьему сыну Мухаммеду посчастливилось унаследовать владения Тулунидов. После непродолжительного периода непрочного господства Аббасидов в Египте и Сирии Мухаммед воцарился в Фустате в 935 году в качестве правителя Египта. Четыре года спустя халиф ар-Ради в ответ на просьбу Мухаммеда пожаловал ему старый иранский княжеский титул ихшид, тем самым возвысив его. В XIX веке османский султан пожаловал своему египетскому наместнику аналогичный персидский титул хедив. По примеру Тулунидов, ихшид Мухаммед обратил алчные взоры на северного соседа – Сирию, большая часть которой находилась в руках успешно оборонявшего ее авантюриста Ибн Раика. После смерти