Эти успехи гарантировали голландцам монополию на большую ценную часть восточной торговли – торговлю пряностями с Молуккскими островами, так как, хотя испанцы и держались в Тидоре до 1663 г., они вели войну, которая была ими уже проиграна. Острова Банда были завоеваны Куном в 1621 г. Их жители были истреблены или порабощены, а земля – распределена между служащими компании или номинальными собственниками, которые гарантировали, что будут продавать всю свою продукцию компании по назначенным ею ценам. Амбон был аналогичным образом поглощен в 1647 г. после долгой череды нападений вооруженных флотилий местных наемников, нанятых голландцами с целью уничтожить всю гвоздику, произведенную сверх потребностей компании. В 1650 г. восстание против голландских торговых агентов в Тернате – где их изначально радушно принимали как союзников против Тидоре – привело к репрессиям, и в 1657 г. местный султан был вынужден подписать договор, по которому в обмен на пенсию от голландцев он обязался запретить выращивание пряностей на всех подвластных ему островах, оставив это занятие исключительно на островах, находившихся во владении компании. Немедленным результатом подчинения голландцам Тернате стал рост богатства и престижа другого конкурента – города Макасара, султану которого поставляли оружие португальские и английские торговцы. Но в 1669 г. Макасар тоже был взят с помощью голландского флота и большого отряда бугийских наемников под командованием Корнелиса Спелмана. Султан Макасара согласился продать всю пригодную для экспорта продукцию своего царства компании и даровал голландцам монополию на ввоз промышленных и всех китайских товаров.

Оставалась нерешенной главная проблема – контроль над островом Ява. Безопасность Батавии в большой степени зависела от вражды между собой султанатов Матарам и Бантам; оба они претендовали на территорию Батавии. Будучи приморским государством, Бантам поддержал проигрышное дело англичан в 1618 г. в надежде на возврат себе Батавии и продолжал ожесточенно сопротивляться голландцам. Матарам, гораздо более крупный и сильный из двух султанатов, был удаленным от моря государством, правители которого плохо понимали важность и ценность морской торговли. Презирая голландцев как простых торговцев, они терпели их как покупателей риса и приветствовали их войны с султанами прибрежных государств. В 1646 г. сусухунан («тот-которому-подчиняется-всё») Матарама согласился в обмен на официальное признание его монаршей власти на территории компании не пускать яванских торговцев на Острова пряностей. Шаг за шагом голландцы уничтожали морское сообщение между Матарамом и внешним миром. Торговцы и кораблестроители потеряли работу, и яванцы стали почти полностью народом землепашцев. Единственным покупателем их зерновых культур, выращиваемых на экспорт, была голландская компания. Чтобы и дальше обеспечивать снабжение Батавии продовольствием, голландцы в 1675 г. вмешались в спор о престолонаследии в Матараме и добились от победителя в нем договора о закрытии вассальных портов Матарама для всех других иностранцев, монополии на торговлю опиумом и уступки компании значительной части земель, на которых выращивался рис. В 1680 г. они рассорились с Бантамом и, нанеся сокрушительное морское поражение султану, добились того, чтобы он оставил свои территориальные притязания, гарантировал голландцам монополию на торговлю перцем и закрыл свои порты для всех других иностранцев. К концу XVII в. компания не только контролировала все порты острова Ява, но и владела большими частями его внутренней территории от одного берега до другого. Многие правители приморских владений и их подданные, лишенные средств к существованию, стали пиратами, но никто не был достаточно силен, чтобы напрямую бросить вызов компании. Был подготовлен путь к широкой аннексии и созданию территориально большой империи.