На Тернате, Макасаре и в других местах интересы голландцев были защищены, как и на Яве, договорами о союзе или протекторате, навязанными голландскими резидентами.

Компания получала свои доходы, во-первых, из прибылей от торговли; но так как ее торговля представляла собой ревностно охраняемую монополию, то, как только позволила ей ее растущая власть, она начала регулировать количество выпускаемой продукции, чтобы поддерживать цены, и ограничила производство особенно ценных культур регионами, находившимися под ее собственным контролем. От регулирования производства до взимания дани в натуральном выражении под прикрытием торговли было рукой подать. Главной обязанностью регентов на оккупированной Яве было снабжение компании – бесплатное – установленным количеством перца, индиго и хлопчатобумажной пряжей. Договор с сусухунаном Матарама в 1677 г. требовал, чтобы этот правитель ежегодно поставлял партии риса по определенной цене. Султан Бантама по аналогичному договору был вынужден продавать компании по назначенной ею цене весь урожай перца, выращенный в его царстве. Теоретически сохранялось отличие между «непредвиденными обстоятельствами», которые представляли собой неприкрытую дань натурой, и «вынужденными поставками» – торговыми контрактами, исключительно благоприятными для покупателя; но на практике эти два источника доходов, которые давали основную часть прибылей компании, смешивались друг с другом и выручкой от обычной торговли. По сравнению с этими видами дани, открытыми и замаскированными, налогообложение в обычном смысле этого слова не играло никакой роли. Как правило, только европейцы платили налоги в денежном выражении, и они же были главными участниками косвенного налогообложения, каким бы ни было его название. Но местное население под властью голландцев подлежало призыву на принудительные работы, особенно работы в порту. На островах Банда голландцы прибегали к рабскому труду при выращивании пряностей после истребления местных жителей.

В общественной жизни дискриминация в отношении азиатов как таковая была неизвестна ни на законодательном уровне, ни на практике, и смешанные браки были распространенным явлением, хотя компания не поощряла неевропейцев и полукровок ездить в Голландию. Существовала жесткая дискриминация в законе в отношении нехристиан. В Батавии публичное отправление любого вероисповедания, за исключением обрядов голландской реформаторской церкви, было запрещено. На практике, несмотря на протесты священников, индуисты, мусульмане и китайцы имели полную свободу вероисповедания сразу же за стенами компании и в других регионах Вест-Индии и Индии. Подобно большинству европейцев-протестантов того времени, голландцы проявляли сравнительно небольшой интерес к миссионерской работе. К тому же огромное разнообразие индонезийских (малайских) диалектов делало систематическое проповедование среди местных жителей невозможным. На протяжении XVII в. португальский язык оставался главным языком межнационального общения на архипелаге, а немногие местные жители, ставшие кальвинистами, происходили в основном из среды католиков, говоривших на португальском языке.