Трансатлантические миграции эпохи разведывательных исследований заставили европейцев вступать в тесный повседневный контакт с совершенно незнакомыми народами, с которыми у них изначально было мало точек соприкосновения, но за духовное и материальное благосостояние которых они обнаружили себя в какой-то степени ответственными. Обычно им нечего было бояться этих людей после первоначальной неопределенности после завоевания и колонизации, и они могли многое получить как миссионеры, администраторы или эксплуататоры труда, поняв их. Богатые, необычные и разнообразные культуры оседлых американских индейцев вызывали острое любопытство у людей эпохи Возрождения, и желание изучить их и написать о них обретало актуальность ввиду возможности их исчезновения, признаваемой некоторыми из наиболее восприимчивых и благожелательных испанцев. Можно сказать, что современная наука этнология зародилась в XVI в. в Испанской Америке. Некоторые испанизированные индейцы с поощрения испанцев писали историю своего собственного народа, особенно Иштлилыиочитль в Мексике и Гарсиласо в Перу, с ностальгией описывавшие былые славные времена. Испанские миссионеры тоже писали истории или описывали индейцев, с которыми они вступали в контакт. Многие из этих произведений – как можно предполагать ввиду обстоятельств, в которых они были написаны, – были не научными исследованиями, а полемическими произведениями. Лас Касас и Мотолиниа писали, чтобы разоблачить и обвинить испанцев в жестоком обращении с индейцами, поддержать предлагаемые законы в их защиту и, прежде всего, добиться для них права на получение после обращения в христианскую веру святого причастия, какое есть у других христиан. Лас Касас особенно подробно останавливается на покорности, беспомощности и интеллектуальных способностях индейцев, но, несмотря на полемические цели, его работы являются кладезем антропологической информации. Епископ Юкатана Диего де Ланда – неутомимый гонитель идолопоклонничества, уничтожавший рукописи майя, был очарован культурой, которую он помогал разрушать, и его отчет об этом является своего рода классикой. С другой стороны, «История инков» Педро Сармьенто де Гамбоа – это пропаганда иного сорта. Она была написана по поручению вице-короля Толедо с целью показать, что индейцы Перу жили под властью кровожадной тирании, от которой их спасли испанцы; но именно живая любознательность автора и использование им рассказов индейцев делают эту книгу ценным источником информации, хоть и очень выборочно.

Исключением в этих обобщениях и величайшим авторитетом в области индоамериканских культур в XVI в. был францисканский миссионер Бернардино де Саагун, чья «Общая история» принесла ему проблемы с вышестоящим начальством и была напечатана лишь спустя более 200 лет после смерти автора. Саагун провел большую часть своей долгой жизни в Новой Испании, знал о сокращении аборигенного населения островов и пережил опустошительные эпидемии оспы 1545 и 1575 гг. Его комментарии к этим бедствиям были менее пессимистичными, чем комментарии некоторых его братьев по ордену. Он полагал, что индейское население уменьшится, но сохранится в рамках растущего численно испанского общества. Он считал эту перспективу тревожной, так как боялся, что вековой уклад жизни индейцев, в котором он видел многое достойное восхищения и уважения, может исчезнуть, в то время как их «идолопоклонническая» религия сохранится, пусть даже только тайно. Он очень скептически относился к массовым обращениям индейцев в христиан, которые происходили при нем в Новой Испании. Именно с целью сделать распространение христианского учения более эффективным и облегчить его понимание индейцами Саагун приступил к описанию их культуры, но в процессе написания книги любопытство ученого и человеческая симпатия возобладали. Его «История» охватывает во всех подробностях все аспекты жизни ацтеков: богословие, философию, обряды, астрологию и прорицание, управление, экономическую деятельность, обычаи, науку и медицину, природные ресурсы страны. Только последняя книга из двенадцати является историей в обычном смысле этого слова – повествованием о завоевании, беспощадным в своем осуждении зверств. Саагун был прекрасно подготовлен для выполнения своей задачи, имея долгий личный опыт, глубокие знания языков индейцев – большая часть его книги написана на языке науатль – и холодную критическую рассудительность. Он мало использует «авторитеты». Он редко цитирует Писание, а классиков – почти не цитирует, что странно для человека, получившего образование в эпоху Возрождения в Саламанке. С другой стороны, Саагун использовал многих информаторов из среды индейцев и тщательно отбирал их по их знаниям, уму и честности. Расспрашивая их, он использовал материалы, которые они понимали: их собственные пиктографические записи обсуждаемых тем. Саагун приводит их имена и дает им характеристику, а в тех местах, где слова рассказчиков расходятся, сравнивает их версии и дает свой собственный объективный комментарий. Его метод был и строгим, и художественным. Он стал первым великим европейцем-этнологом.