Когда на собрании ложи европейских стран было решено распространить мартинизм в России, выбор пал на Папюса. В 1895 году он посвятил в рыцари ордена военного атташе России в Париже В. В. Муравьева-Амурского. Через пять лет тот свел Папюса с великим князем Петром Николаевичем, его супругой Милицей и ее сестрой Анастасией, которая попросила Папюса приоткрыть завесу над будущим дома Романовых.

Папюс стал гадать на картах Таро, и выяснилось, что над Россией нависла угроза, но её можно уменьшить. С Николаем II и его супругой Папюс познакомился во Франции, в Компьене, и император пригласил его в Россию в качестве личного гостя.

Существует версия, что Папюс и Николай II часто беседовали наедине. В результате этого общения император, его семья и великие князья вступили в орден мартинистов, а его друг Филипп был востребован как врач, о котором у них были восторженные отзывы.

Императрица рассказывала, что Филипп вылечил одну из ее дочерей от оспы, ее саму – от почечных колик, а племянника библиотекаря Зимнего дворца спас от ампутации ноги. Император предложил Филиппу и Папюсу пройти испытание при постановке диагнозов больным в Петербургском военном госпитале. Комиссия из медицинских светил, в которую входил и В. М. Бехтерев (тоже мартинист), сверила диагнозы французов с их историями болезни, и оказалось, что Филипп не допустил ни единой ошибки, а Папюс был прав в половине случаев.

Поэтому, когда Папюс и Филипп возвратились на родину, Папюс решил стать учеником Филиппа. Тот ограничился тремя фразами: «Чистота сердца и чистота молитвы. Больше ничего не надо. Никаких пассов и заклинаний!» – и пояснил свою мысль: «Забудь о себе. И будь готов к жертве». Папюс никогда больше не ошибался в лечении и большую часть доходов отдавал Французскому Красному Кресту. Малоимущих пациентов он лечил бесплатно.

2 августа 1905 года Папюса снова пригласили в Россию. По просьбе Николая II он вызвал дух его отца Александра III, чтобы спросить его о грядущих событиях. Они не предвещали ничего хорошего, и тогда Папюс произнес заклинания, которые могли бы защитить Романовых. Однако предупредил императорскую чету, что заклинания будут действовать до той поры, пока жив сам Папюс. Императрица в благодарность преподнесла магу золотой ковш, украшенный драгоценными камнями. Что стало с подарком неизвестно. Возможно, Папюс пожертвовал его на благотворительность.

В последний раз Папюс был в России в 1906 году, когда гадал на картах об исходе войны с Германией. Жерар не советовал Николаю общаться с Григорием Распутиным. После встречи с русским императором он возвратился во Францию. Вскоре его единственный сын Филипп порезался ножом, и у него началось заражение крови.