Вместе с тем Трепов считал, что политика репрессий оправдана только до определенного предела. В эти дни Николай II предлагал ему (а также великому князю Николаю Николаевичу) диктаторские полномочия. Но оба кандидата заявили царю, что невозможно уповать исключительно на военную силу. Они высказались за необходимость уступок. В ночь с 16 на 17 октября Трепов, ознакомившись с проектом манифеста, написал царю: «Свобода печати, совести, собраний, союзов должна быть дана». Учитывая огромное влияние товарища министра, можно сказать, что он дал зеленый свет манифесту.

Трепов покинул свой пост сразу после погромов. Известие о его отставке вызвало повышение курса русских ценных бумаг на мировых рынках. Бывший товарищ министра не ушел из политической жизни. Его противники, в частности автор манифеста граф С.Ю. Витте, утверждали, что в качестве дворцового коменданта Трепов являлся всемогущим диктатором. Это преувеличение. Действительно, на первых порах дворцовый комендант пользовался полным доверием Николая II. Но вскоре он вызвал недовольство царя участием в конфиденциальных переговорах с либеральной оппозицией о сформировании правительства из общественных деятелей. Террористы охотились за бывшим заведующим полицией до сентября 1906 г., когда он скончался от сердечного приступа. В.Ф. Джунковский, хорошо знавший Трепова, писал: «Последнее время он был очень нервен, мнителен, ему всё казалось, что за ним следят, что дом, где он жил, окружен революционерами; он доходил, как говорят, до галлюцинаций». В глазах революционеров Трепов считался виновником погромов. Однако нет никаких фактов, доказывавших его двойную игру. Нельзя утверждать, что он планировал дискредитировать гражданские свободы взрывом насилия.

На наш взгляд, в значительно большей степени, чем высшие власти, к погромам были причастны местные административные органы и полиция. Дело в том, что обстановка секретности, в которой готовился манифест, привела к непредсказуемым последствиям. Губернские власти пребывали в полной растерянности. Громадные пространства страны не позволяли оперативно довести информацию по официальным каналам, тем более что железнодорожное сообщение и телеграф были скованы всеобщей забастовкой. На окраинах империи власти просто не поверили известию о резкой смене правительственного курса. Наместник на Кавказе И.И. Воронцов-Дашков просил подтвердить шифрованной телеграммой, действительно ли дарована свобода. Иркутский генерал-губернатор граф П.И. Кутайсов называл сообщения о манифесте «распространившимися по городу слухами». В течение нескольких дней Трепов не имел связи с большинством городов. Жандармские управления и охранные отделения не контролировали ситуацию. Типичной была телеграмма, которую направил в Департамент полиции начальник Одесского охранного отделения: «Нормальная жизнь прекратилась… Сношение с агентурой приостановлено, филеры не наблюдают».