А.А. Макаров, сменивший убитого Столыпина, добросовестно выполнял просьбы министра юстиции, касавшиеся киевского дела. Только однажды, да и то не по своей инициативе, министр внутренних дел вмешался в дело Бейлиса. Получив письмо от киевского губернатора Гирса о том, что назначенный на осень 1912 г. судебный процесс может осложнить выборы в IV Государственную думу, министр внутренних дел слово в слово повторил его аргументы в письме к Щегловитову и присоединился к просьбе губернатора перенести процесс на другое время. Щегловитов немедленно ответил: «Сообщить совершенно конфиденциально старшему председателю Киевской судебной палаты, прося его содействия к удовлетворению желания министра внутренних дел».

Н.А. Маклаков (управляющий министерством с декабря 1912 г., министр с февраля 1913 г.) был личным ставленником царя и крайне правых кругов. По свидетельству Белецкого, Маклаков видел в ритуальном деле способ воспрепятствовать движению за равноправие еврейского населения. Впрочем, надо отметить, что молодой министр не считался серьезным государственным деятелем. Злые языки утверждали, что он сделал головокружительную карьеру благодаря изумительному таланту имитации животных: «Наследника Маклаков привел в восторг, катаясь по полу, рыча и, говорят, бесподобно изображая резвящуюся пантеру». Член Государственного совета П.П. Кобылинский отзывался о новом министре: «…по формуляру ему 40 лет, по внешнему виду не более 30, а когда раскроет рот — не более пяти». Неудивительно, что он полностью подчинился Щегловитову в деле Бейлиса.

Между тем позицию полицейских чинов, непосредственно занимавшихся расследованием преступления, можно оценить скорее как скептическую. Не говоря уже о Мищуке и Красовском, все остальные сыщики выражали сомнения в виновности Бейлиса. Отрицательное заключение представил съездивший в Киев детектив Кунцевич. Серьезные колебания испытывал подполковник Иванов. Ему поручили проверить одну из косвенных улик, появившуюся уже после ареста Бейлиса. У некоего Козаченко, сидевшего в одной камере с Бейлисом, нашли перед выходом из тюрьмы записку, в которой Бейлис рекомендовал посыльного как надежного человека и просил дать ему денег «на расход, который нужен будет». На допросе Козаченко сказал, что должен был за большое вознаграждение отравить двух свидетелей — Фонарщика и Лягушку. Козаченко пояснил: «Мендель мне сказал, что в усадьбе завода Зайцева есть больница, откуда достанут стрихнин и дадут мне».

Фонарщик — прозвище Шаховского, являвшегося по существу единственным свидетелем против Бейлиса. Выбор другой жертвы представлялся весьма странным, так как Лягушкой звали сапожника Наконечного, изобличавшего Шаховского в преднамеренном оговоре Бейлиса. Тем не менее перехваченная записка чрезвычайно заинтриговала следствие — ведь совсем недавно скончались дети, являвшиеся потенциальными свидетелями против приказчика завода. Полиция отправила Козаченко с запиской в усадьбу Зайцева, установив за ним секретное наблюдение. Козаченко встречался с управляющим кирпичным заводом, но никакого яда, разумеется, не получал. Более того, филеры доложили, что Козаченко пытался ввести в заблуждение жандармов относительно переговоров с родственниками Бейлиса. По словам подполковника Иванова, «когда я призвал для очной ставки лиц, наблюдавших за ним, то Козаченко упал передо мною на колени и признался мне, что он все наврал…