Иванов хотел направить официальный протокол об этом эпизоде, однако получил от прокурора Чаплинского ответ, что ему не нужен такой материал. С формальной точки зрения Чаплинский не нарушал закон, так как Козаченко не признавался в том, что он оговорил Бейлиса. Вместе с тем было ясно, что прокурор поступает предвзято, внося в обвинительный акт показания такого ненадежного свидетеля. Об этом эпизоде подполковник Иванов рассказал редактору влиятельной консервативной газеты, члену Государственного совета Д.И. Пихно.

Жандармы предвосхитили выводы частного расследования Бразуль-Брушковского. После первого заявления журналиста полковник Шредель назвал его недостоверным. В донесении вице-директору Департамента полиции Харламову он сообщал, что имеются твердые основания предполагать виновниками убийства саму Веру Чеберяк и нескольких уголовных преступников. В другом донесении Шредель подчеркивал: «Обвинение Менделя Бейлиса в убийстве Андрея Ющинского при недостаточности собранных против него улик и всеобщем интересе к этому делу может повлечь за собой большие неприятности для чинов судебного ведомства».

Министерство юстиции вопреки предупреждениям полицейских сыщиков довело дело Бейлиса до процесса. Накануне процесса Щегловитов вызвал в столицу начальника Московской сыскной полиции Кошко и предложил ему ознакомиться с материалами следствия по делу об убийстве Ющинского. Кошко добросовестно проштудировал многотомное дело и откровенно сказал министру: «Следствие велось неправильно, односторонне и, я сказал бы, даже пристрастно». По его мнению, не было никаких оснований для ареста Бейлиса. Щегловитов, вспоминал впоследствии сыщик, в раздражении бросил ему такой упрек: «Мы, видимо, с вами говорим на разных языках. Я очень жалею, что обратился за вашей помощью. Надеюсь, что будущий приговор присяжных поколеблет вас в ваших юдофильских воззрениях».

Возможно, Щегловитов не хотел выдавать свою неуверенность. По словам прокурора Чаплинского, министр юстиции не исключал и даже считал почти неизбежным оправдание Бейлиса. «При этом он говорил, — вспоминал Чаплинский, — что самый желательный исход — это чтобы палата прекратила дело. И совесть была бы чиста, и гора с плеч, и хлопот и неприятностей не было бы». Но поскольку никто не желал взять на себя такую ответственность, у министра не было иного выхода, кроме как продолжать начатое дело. Один из знакомых Щегловитова вспоминал его слова: «Дело получило такую огласку и такое направление, что не поставить его на суд невозможно, иначе скажут, что жиды подкупили и меня, и все правительство».