Обвинители испытывали трудности не только из-за слабости улик против Бейлиса. В судебном состязании им противостояли исключительно серьезные противники. Скромного приказчика кирпичного завода защищал цвет российской адвокатуры: Н.П. Карабчевский, прославившийся во время громких уголовных процессов; О.О. Грузенберг, один из самых популярных юристов-евреев; А.С. Зарудный, пытавшийся в свое время привлечь к ответу за террор руководителей «Союза русского народа»; Д.Н. Григорович-Барский, перешедший в адвокаты из прокуроров; а также видный деятель кадетской партии депутат Думы В.А. Маклаков. Характерно, что в этом деле он оказался противником своего младшего брата — министра внутренних дел.

В ходе процесса представители обвинения поставили перед собой три задачи: вызвать сочувствие к несправедливо пострадавшей семье убитого, подорвать доверие к версии о причастности к преступлению воровской шайки и, самое главное, доказать ритуальный характер убийства. Тактическая выгода от выполнения первой из этих задач была очевидной. Черносотенцы прозрачно намекали, что задержка следствия на начальном этапе являлась результатом воздействия закулисных сил. Кроме того, поверенные гражданских истцов получали возможность опорочить пристава Красовского, перешедшего в лагерь защитников Бейлиса.

Однако сторонникам ритуальной версии невольно пришлось сделать упор на произвол властей в отношении родственников погибшего мальчика. Примеров подобного произвола имелось более чем достаточно. Дядя убитого Федор Нежинский на вопрос, почему он не жаловался на давление со стороны полиции, недоуменно ответил: «Кому жаловаться? Городовому в участке скажешь, он в ухо даст». Чиновник Департамента полиции Любимов в донесениях Белецкому отмечал, что «неприятной стороной процесса является то, что и прокурор, и гражданские истцы (особенно Замысловский), и защита почти все время говорят о тех незаконных действиях полиции, которые были допущены, когда Красовский и Мищук, стараясь утопить друг друга, выколачивали сознание из родственников Ющинского». У Любимова сложилось впечатление, что судят не Бейлиса или Веру Чеберяк, а киевскую полицию.

Замысловский и Шмаков попытались развенчать версию журналиста Бразуль-Брушковского. «Необычная роскошь и богатство доказательств, — саркастически замечал Замысловский, — этот рисунок написан широкой кистью большого мастера. Все есть — даже вещественные доказательства». Поверенным гражданских истцов удалось вскрыть противоречия в показаниях ряда свидетелей защиты. Впрочем, некоторые из них (например, Дьяконова) так плохо выучили свой урок, что вызвали лишь смех у участников судебных заседаний.