Передохнув в лагере, разбитом на берегах озера Кокча, Тамерлан предпринял завоевание Западной Великой Армении. Страна в это время была разделена между несколькими туркоманскими эмирами. Все они были правоверными мусульманами, но, по рассказу «Зафар-наме», Тамерлан начал против них священную войну под предлогом, что эти туркоманы напали на караван из Мекки. Он за один день взял Эрзерум. Туркоманский эмир Тахертен, правитель Эрзинджана, неожиданно объявил себя данником Тамерлана: тот подтвердил за ним права на владение его княжеством. Затем Тамерлан послал своего сына Миран-шаха воевать в Муше и Курдистане против туркоманской орды Черного Барана, или Кара-Коюнлу, которую тогда возглавлял Кара-Мухаммед Турмуш. Сам Тамерлан опустошил округ Муш, но туркоманы спаслись в недоступных ущельях.

Завершив завоевание Армении взятием Вана, все защитники которого были сброшены с вершин гор, Тамерлан направился к управляемым Музаффаридской династией княжествам, главными из которых были Фарс (Шираз), Исфахан и Кирман.

Музаффаридский правитель Шах-Шуджа, которого Ибн Арабшах представляет нам как образец всех добродетелей (несмотря на то что он приказал ослепить и уморил в тюрьме родного отца), незадолго до того получил предложение покориться Тамерлану, быстро признал над собой его суверенитет и тем самым спас свое государство от грозного вторжения. Умирая в своей столице Ширазе, он оставил Шираз и Фарс своему сыну Зайн ал-Абидину, а Кирман – его брату Ахмеду, тогда как Исфахан и Йезд стали предметом борьбы между его племянниками Шах-Яхъей и Шах-Мансуром (первый в конце концов сохранит за собой Йезд, а второй позднее овладеет Исфаханом). Перед смертью Шах-Шуджа поместил всю свою семью под покровительство Тамерлана. Несмотря на доверительный тон письма (текст которого, как уверяет «Зафар-наме», в точности воспроизведен в ней), мы видим, что его автор совсем не уверен в будущем. Действительно, Тамерлан вскоре воспользовался смертью своего вассала, чтобы захватить музаффаридские владения (октябрь – ноябрь 1387 г.). Через Хамадан он двинулся прямо на Исфахан. Музаффаридский губернатор Исфахана Мозаффер-и Каши поспешил вынести ему ключи от города; Тамерлан совершил торжественный въезд в город, после чего разбил лагерь за его стенами. Казалось, все пройдет мирно, как вдруг однажды ночью городская чернь убила тимуридских чиновников, направленных собирать налоги, а также одиночных трансоксианских воинов, каких только смогла найти. Тамерлан в гневе приказал устроить массовую резню населения. Каждое армейское подразделение должно было представить «таблицу» с определенным количеством голов. «Зафар-наме», официальная апология Тамерлана, пишет о 70 000 голов, «которые были сложены в кучи под стенами Исфахана и из которых потом построили башни в разных местах города». Жуткие сцены, описанные по этому поводу Арабшахом, еще хуже тех, что донесли до нас историки Чингисхана по поводу массовой резни в Балхе, Герате и Газне в 1221 г., поскольку первые монголы были обыкновенными дикарями, тогда как Тамерлан – образованным тюрком, большим любителем персидской поэзии, разрушившим центр иранской цивилизации, набожным мусульманином, который разгромил многие столицы мусульманского мира.