Возвышению Мухаммеда Шейбани, как мы видели, способствовала другая чингизидская династия, династия чагатаидских ханов Моголистана (Или и Ташкент), представленная в то время Махмуд-ханом (1481–1508). Однако, став властелином Трансоксианы, Мухаммед Шейбани не захотел дольше терпеть опеку ташкентского Чагатаида и напал на него. Махмуд-хан позвал на помощь своего брата, который, в то время как сам он царствовал в Ташкенте, управлял (1487–1503) Аксу и Уйгурией. Но оба хана были разбиты Мухаммедом Шейбани в сражении у Акши в Фергане, к северо-востоку от Коканда и к северо-западу от Андижана (июнь 1503 г.). Махмуд-шаха и Ахмеда Мухаммед Шейбани взял в плен. Впрочем, он довольно любезно обращался с ними и скоро отпустил на свободу, чтобы, как он выразился, отблагодарить их за совершенные ими ошибки, которым он обязан своим успехом; но Ташкент и Сайрам он удержал в своих руках. Кроме того, он потребовал в жены своему сыну дочь Махмуд-хана: таким образом он хотел соединить две сохранившиеся ветви Чингизидов – Джучиеву и Чагатаеву. В 1508–1509 гг. Махмуд-хан вновь попал в руки Мухаммеда Шейбани, и тот казнил его рядом с Ходжентом, заявив, что политик может даровать помилование один раз, но если он делает это повторно, то он дурак.

Мухаммед Шейбани, повелитель Западного Туркестана, Трансоксианы, Ферганы и Хорасана, создал узбекскую империю – мощнейшую державу Средней Азии, когда он вступил в конфронтацию с Персией.

Персия, в течение четырех с половиной веков находившаяся то под тюркским, то под монгольским владычеством (1055–1502), незадолго до того восстановила независимость. Национальная династия Сефевидов (1502–1736), только что взошедшая на трон, изгнав туркоманскую орду Белого Барана, намеревалась восстановить территориальную целостность Ирана, отбив у узбеков Хорасан. Впрочем, Сефевиды и Узбеки противостояли друг другу во всем. Первые – иранцы, вторые – монголо-тюрки, первые – пламенные шииты, вторые – твердые в вере сунниты. Война межэтническая, как это часто бывает, приняла облик войны религиозной. В двойном качестве защитника суннизма и потомка Чингисхана Шейбани предложил сефевидскому шаху Исмаилу отречься от «шиитской ереси» и покориться, в противном случае узбеки дойдут до Азербайджана и «обратят его в истинную веру мечом». Намекая на происхождение сефевидской династии (а она, как известно, произошла из семьи шиитских шейхов), узбекский монарх послал персидскому шаху чашу дервиша, предлагая вернуться к роду занятий его предков, а светскую власть оставить потомку Чингисхана; на эту наглость шах Исмаил ответил, что раз уж он дервиш, то отправится – вместе со своим войском – в паломничество к гробнице имама Резы в Мешхеде, в самом сердце Хорасана.