По повелению Фридриха II в гаванях Сицилии и Италии приступили к постройке кораблей. Возобновленная Римом проповедь священной войны повсюду встречала довольно равнодушное отношение. Фридрих II, если бы даже и хотел, не смог собрать к назначенному времени достаточно людей для «заморской экспедиции». Между тем за пять месяцев до истечения назначенного срока Гонорий III умер.

К лету 1227 г. несколько десятков тысяч человек, набранных главным образом в Германии, а отчасти во Франции, Англии и Италии, сошлись в лагере возле Бриндизи, и некоторые уже отплыли на Сицилию. Но тут в крестоносном воинстве, испытывавшем нехватку продовольствия и страдавшем от сильной жары, начались повальные болезни. Заболел и сам Фридрих II. Поход опять был отложен.

Новый папа, 80-летний Григорий IX (1227–1241), двоюродный брат Иннокентия III и убежденный приверженец идеалов папской теократии, отлучил Фридриха II от церкви как злокозненного врага веры Христовой. В пику папе отлученный император летом 1228 г. со значительным отрядом отплыл из Бриндизи в Сирию. Тогда Григорий IX вообще запретил Крестовый поход. Он заявил, что Фридрих II – не крестоносец, а пират, «служитель Магомета», что он отправляется на Восток не для войны с исламом, а для «похищения королевства в Святой земле». Это была, мягко говоря, неумная позиция. Она только уменьшала шансы крестоносной экспедиции на успех и компрометировала саму идею Крестового похода, и без того утратившую на Западе былую привлекательность. Крестовый поход сделался в руках папства лишь козырем в его политической игре – в борьбе против империи. Фридрих II, вообще преследовавший сугубо политические цели, со своей стороны, видел в походе только средство к созданию «всемирной» державы Штауфенов (он потому и метил в иерусалимские короли). К религиозным вопросам император всегда проявлял безразличие.

Прибыв в Акру (по пути туда он захватил остров Кипр), Фридрих II снова завязал переговоры с султаном. Последний находился тогда в затруднительном положении, поскольку воевал с эмирами Дамаска (вначале с братом, потом с племянником). Фактически крестоносцы во время пребывания в Сирии не вели почти никаких военных действий, ограничиваясь отдельными вылазками. Центр тяжести борьбы с «неверными» был перенесен в плоскость дипломатии. В феврале 1229 г. после длительных дебатов Фридриху II удалось заключить в Яффе мир с аль-Камилем сроком на 10 лет. По мирному договору Иерусалим (за исключением квартала, где находились две главные мечети), Вифлеем и Назарет, все селения, расположенные по дорогам, ведущим к Иерусалиму, часть округи Сайды и Торон были уступлены императору, который, по его собственным словам (они известны из письма Фридриха II к английскому королю), вправе был также укреплять и перестраивать некоторые замки и крепости. С Египтом, кроме того, были подписаны выгодные торговые соглашения. В свою очередь, Фридрих II обязался помогать аль-Камилю против любых врагов, будь то мусульмане или христиане, и гарантировал султану, что сирийские крепости, оставшиеся у крестоносцев, – Крак де Шевалье (крепость госпитальеров), Шатель Блан и Тортоза (ею владели тамплиеры) – не будут получать откуда-либо помощи.