Спустя месяц, 18 марта 1229 г., Фридрих II вступил в Иерусалим и в храме Гроба Господня сам возложил на себя королевскую корону (духовенство отказалось короновать государя, отлученного от церкви).

Вконец разъяренный политикой соперника на Востоке (какой прок Римской курии от того, что Гроб Господень вырван из рук «неверных»?), папа обвинил Фридриха II в измене христианству. По указанию патриарха Иерусалимского на город был наложен интердикт. Во всех церквах запретили богослужение – ведь в Святом Граде пребывает отлученный император!

В то же время Григорий IX двинул свои рыцарские отряды в южноитальянские владения Фридриха II. Тот спешно покинул берега Палестины и бросился в Италию, где ввязался в вооруженную борьбу с римским первосвященником. Войска Григория IX были разбиты, и в 1230 г. по условиям Сан-Джерманского мира папа снял отлучение с недавнего «служителя Магомета», а в следующем году утвердил договоры Фридриха II с мусульманами, предписав всем прелатам и – особо – тамплиерам и госпитальерам соблюдать мир с аль-Камилем.

Практический результат Шестого крестового похода – мирное отвоевание Иерусалима – оказался недолговечным. После отъезда Фридриха II в Европу в его новых, восточных, владениях вспыхнули распри между сеньорами. Многие из них были недовольны утверждением Гогенштауфена и не желали повиноваться поставленным им властям. Вскоре император вновь ввязался в затяжной конфликт с Римской курией; последовало еще одно папское отлучение. Григорий IX возобновил проповедь священной войны. И на этот раз Крестовый поход должен был послужить орудием борьбы папства против Фридриха II, а вместе с тем средством пополнить папскую казну. Римский первосвященник требовал от католиков щедрых денежных пожертвований. Папские проповедники, сильнее всего озабоченные финансовой стороной своей миссии, охотно отпускали грехи жертвователям золота и серебра, откупавшимся таким путем от личного участия в очередном крестоносном предприятии.

Фридрих II противодействовал папе в организации Крестового похода. Когда в 1239 г., по истечении десятилетнего мира с Египтом, незначительные отряды крестоносцев все же собрались в Лионе под началом короля Тибо Наваррского, герцога Гуго IV Бургундского и других сеньоров, Григорий IX объявил, что Иерусалим не является более целью похода – они должны прийти на помощь Латинской империи. Политические соображения, по существу, совсем вытеснили религиозные мотивы в действиях Римской курии, связанных с проведением Крестовых походов.

Вопреки намерениям папы, бо́льшая часть крестоносцев осенью 1239 г. без особого воодушевления отплыла в Сирию. Этот Крестовый поход – в числе его предводителей был также английский эрл Ричард Плантагенет Корнуэллский – обычно не включается историками в серию главных крестоносных предприятий (например, в многотомной «Истории Крестовых походов», издаваемой в США, ему уделено всего 20 с небольшим страничек), ибо он не имел фактически никаких последствий. Побуждаемые исключительно жаждой приобретений и понеся ряд неудач, предводители крестоносцев по настоянию тамплиеров вступили в союз с Дамаском против Египта, но вместе с войсками своего союзника, обещавшего им ряд территориальных уступок в Палестине, были разгромлены египтянами при Аскалоне (ноябрь 1239 г.). После этого распри среди крестоносцев, особенно между госпитальерами и тамплиерами, разгорелись с удвоенным ожесточением. Ничего не добившись, король Наваррский и прочие главари похода вернулись на родину Всеми этими обстоятельствами правительство Египта воспользовалось как нельзя лучше. В сентябре 1244 г. султан ас-Салих Эйюб Наджм ад-Дин (1240–1249) с 10-тысячной хорезмийской конницей подступил к Иерусалиму и захватил его, учинив поголовную резню христианского населения. На этот раз город прочно перешел к мусульманам.