На первый взгляд, в ходе Смутного времени никоим образом не проявились какие-либо этно-политические противоречия. Однако начальный этап Смуты явно связан с юго-западными уездами Российского государства. Вероятно, московским властям той эпохи хотелось верить и казалось, что многочисленное, военизированное и неспокойное население отдалённых, юго-западных Черниговских, Гомельских, Новгород-Северских, Путивльских земель – те же самые подданные Московского царя, как и все остальные. Казалось, что это такое же по своему этническому составу русское население, как где-нибудь у большой Засечной Черты – у Серпухова, Калуги, Тулы, Рязани или даже южнее – у Белгорода, Воронежа, Козлова, Тамбова, Саранска, Симбирска. На юге и юго-востоке это было действительно так или похоже на то. Но на юго-западе оказалось не так, и даже совсем не так. Многовековое нахождение этих земель в составе Великого княжества Литовского-Русского не прошло бесследно для западнорусского населения этих территорий. Несмотря на древнюю вражду Черниговщины и Северщины с Галицкой и Волынской землёй (Юго-Восточной Руси с Юго-Западной Русью) за овладение Киевом, их нахождение в составе одного государства – Великого княжества Литовско-Русского сблизило этнические группы этих земель. В течение XIV–XVI веков значительно нивелировались этно-культурные и этно-политические разногласия между элитами и населением этих древних регионов Русской земли. Отныне этническое самосознание западных русских обрело своё единство в рождении и становлении малороссийского козачества – «черкасов». А идеальным воплощением его стала «Запорижская Сичь», козачьи вольности и привелеи. Юго-Западные козачьи окраины и украины не желали мириться с нарождающимися крепостническими порядками Московского государства. Великороссы были для малороссов и даже для южных россиян «москалями». И, прежде всего, это происходило потому, что население этих Украин не чувствовало, не осознавало себя великорусским. Оно и не принадлежало к нему! Оно уже приобрело свою идентичность. Этнически оно хоть и являлось русским, но уже малороссийским и называло себя – козачеством. Так рождался и формировался многовековой великорусско-малороссийский антагонизм. И это – тоже одна из серьёзнейших причин Смуты, оказавшихся одной из самых устойчивых и репродуктивных.

Далеко не всё ладилось в этно-политическом устройстве и на востоке молодого Великорусского государства. В Среднем Поволжье против власти князей и бояр, против власти Шуйского поднялись в землях от Суры до Вятки многие «понизовые люди, мордва и черемисы». Уже в 1606 году «мордва, бортники, боярские люди и крестьяне, собрався, придоша ратью под Нижний Новгород». Однако им не удалось взять хорошо подготовленный к обороне Нижегородский кремль. В 1607 году в Сибири произошло восстание остяков, осадивших Берёзов. Но их смог отбросить от крепости русский гарнизон. В 1608 году отряды мордвы и марийцев вновь пытались захватить Нижний Новгород. Восстание развернулось на территории вплоть до Хлынова (Вятки). Московские воеводы сумели подавить восстание. В 1609 году остяки Берёзовского уезда готовили новое восстание во главе с княгиней кодских остяков Анной. Заговор был раскрыт, и вожди остяков были схвачены и казнены. Слухи о событиях в Москве волновали также вогулов и сибирских татар. Те желали, «чтобы быть им себе царством, как было при Кучуме царе». Местные воеводы с тревогой сообщали в Москву о всеобщей «шатости и измене». И главной проблемой здесь было то, что российская правящая элита ещё «училась» управлять формирующимся многонациональным Российским государством. (В полной мере эта наука была освоена лишь к середине XIX века). Но в тот период именно боярская элита, пробравшаяся, дорвавшаяся до власти в лице Василия Шуйского в силу своей политической ограниченности быстро привела страну к тому, что, сполна узрела картину общего расстройства государства.